Flasbarth leistete seinen Zivildienst beim Verein Jordsand ab, studierte anschließend von 1983 bis 1989 Volkswirtschaft, Politikwissenschaft und Philosophie in Münster und Bonn und schloss sein Studium als Diplom-Volkswirt ab.
Zunächst war er von 1989 bis 1992 als Lektoratsleiter beim Bonner Economica-Verlag tätig. Von 1992 bis 2003 war er hauptamtlicher Präsident des Naturschutzbunds Deutschland (NABU), nachdem er bereits seit 1989 das Amt des NABU-Vizepräsidenten innegehabt hatte.
Im Jahr 2003 wurde er vom damaligen Bundesumweltminister Jürgen Trittin zum Abteilungsleiter Naturschutz und nachhaltige Naturnutzung im BMUB berufen. In dieser Funktion war er wesentlich an der Vorbereitung COP 9 der Biodiversitätskonvention 2008 in Bonn beteiligt. Im August 2009 wurde er Präsident des Umweltbundesamtes und damit Nachfolger von Andreas Troge.[1]
Zur „Grünen Gentechnik“ sagte Flasbarth dem NABU-Magazin Naturschutz heute 2009: „Ich habe insgesamt den Verdacht, dass bislang weder die Mehrzahl der Naturschutzbehörden noch die Naturschutzverbände ausreichend erkannt haben, welche Gefahren und welche große Herausforderung da auf den Naturschutz zukommen.“
Flasbarth plädiert für den Schutz konventioneller und ökologischer Landwirtschaft vor gentechnisch veränderten Organismen: „Wenn es nicht gelingt, Ökobauern vor gentechnischen Verunreinigungen zu schützen, können wir alle Bemühungen um die Ausweitung des Ökolandbaus vergessen.“[6]
Klimaschutz
Flasbarth sieht Deutschland als einen Vorreiter der Klimaschutzpolitik. Die Wochenzeitung Die Zeit warf UBA-Präsident Flasbarth 2011 vor, die Wirkung des Atomausstiegs auf den CO2-Ausstoß schönzureden. Flasbarth vertritt die Auffassung, das Ziel der Bundesregierung sei zu schaffen, die Treibhausgase bis ins Jahr 2020 um 40 Prozent gegenüber 1990 zu reduzieren. Er sagte 2011 im Interview: „Ich würde gerne mal andere Industrieländer sehen, die im Klimaschutz so große Fortschritte gemacht haben wie wir Deutschen. Ihre Sichtweise, dass wir für die vom Klimawandel Betroffenen am Horn von Afrika verantwortlich sind, ist absurd! Wir sind Vorreiter im Klimaschutz.“[7]
Ehrenamtliches Engagement
Flasbarth engagierte sich seit den 1970er Jahren ehrenamtlich in verschiedenen Umweltorganisationen. Mit 16 Jahren trat er in den damaligen Deutschen Bund für Vogelschutz (DBV) und heutigen Naturschutzbund Deutschland (NABU) ein und wurde 1983 von der DBV-Jugend zu ihrem Bundessprecher gewählt.[8]
Unter anderem war er Präsidiumsmitglied des Deutschen Naturschutzringes (1985–2003), Gründungsvorstand des Verkehrsclubs Deutschland (1986) und maßgeblich an der Organisation der Deutschen Umwelttage in Würzburg und Frankfurt beteiligt. Er begleitete die Forschungsarbeiten zum Klima- und Ressourcenschutz in seiner Funktion als Aufsichtsratsmitglied des Wuppertal Instituts für Klima, Umwelt, Energie.
Jochen Flasbarth war als Präsident des NABU wesentlich an der Neuausrichtung der Naturschutzorganisation weg von einer Fachorganisation für Vogelschutz hin zu einer breit aufgestellten Natur- und Umweltschutzorganisation hin beteiligt. Bereits in seiner Zeit als DBV-Jugend-Sprecher setzte er sich für eine stärkere politische Positionierung des Verbandes ein.
Während seiner NABU-Präsidentschaft waren die Verkehrs- und Steuerpolitik sowie das Thema Nachhaltigkeit seine inhaltlichen Schwerpunkte.