Von 1981 bis 1986 war Troge Umweltreferent im Bundesverband der Deutschen Industrie und danach bis 1990 Geschäftsführer des Instituts für gewerbliche Wasserwirtschaft und Luftreinhaltung e. V. und gleichzeitig Geschäftsführer der Überwachungsgemeinschaft Chemieanlagenbetreiber. 1990 wurde er Vizepräsident des Umweltbundesamtes.
Am 1. August 1995 wurde er Präsident des Umweltbundesamtes. Zum 1. August 2009 ließ er sich aus gesundheitlichen Gründen in den Ruhestand versetzen.[1]
Troge war Mitglied der CDU.[2] Er trat im September 2009 aus der CDU aus und nannte in einem offenen Brief als Begründung, dass sich diese unter Bundeskanzlerin Angela Merkel von seinen Positionen entfernt habe.