Von 2007 bis 2011 fungierte Skelton als Vorsitzender des einflussreichen Committee on Armed Services. Zuvor war er bereits seit 1998 der ranghöchste Demokrat in diesem Ausschuss. Er bewarb sich auch bei den Wahlen des Jahres 2010 um die Wiederwahl, unterlag jedoch der RepublikanerinVicky Hartzler mit 45:50 Prozent der Stimmen und musste damit am 3. Januar 2011 aus dem Kongress ausscheiden.
Privatleben
Seine Ehefrau Susan Anding Skelton starb am 23. August 2005; die beiden waren 44 Jahre verheiratet gewesen. Am 26. November desselben Jahres wurden Skelton und zwei Kollegen, die Kongressabgeordneten Tim Murphy und James C. Marshall während eines offiziellen Besuchs im Irak bei einem Autounfall verletzt. Ihr Fahrzeug überschlug sich in der Nähe des Flughafens von Bagdad. Skelton und Murphy wurden danach im US-Militärhospital von Landstuhl behandelt.