Emil Spannocchi kam als jüngstes von drei Kindern von Anton Graf Spannocchi und Gabriele Gräfin von Attems 1916 auf Schloss Aigen, heute Teil der Stadt Salzburg, zur Welt. Seine Mutter war die Enkelin von Moritz Graf O’Donnell, dem Bruder von Maximilian Karl Graf O’Donell von Tyrconell, der 1853 Kaiser Franz Joseph I. vor dem Attentat durch Janos Libényi bewahrte und sich als Belohnung dafür eine Villa im Salzburger Mirabellgarten erbauen durfte. Er heiratete Gräfin Therese Czernin von und zu Chudenitz. Aus dieser Ehe gingen fünf Kinder (Eugen, Elisabeth, Silvia, Huberta, Paul) und siebzehn Enkelkinder hervor. Sein Bruder Lelio Spannocchi war Politiker und wirkte als oberösterreichischer Landtagspräsident. Emil Spannocchi starb im Ruhestand an den Folgen eines Reitunfalls.
Zu seinen Vorfahren zählte auch der steiermärkische Landeshauptmann Ferdinand von Attems.
Im Sommer 1943 begann Spannocchi die Generalstabsausbildung an der Kriegsakademie in Hirschberg im Riesengebirge, die er im Oktober 1943 abschloss. Er kam als Kompaniechef erneut zum Panzer-Regiment 24, diesmal nach Italien. Er nahm an einen Schulungslehrgang für die schweren Panzer Panther und Tiger teil und wurde zum Major i. G. befördert.
Im Frühjahr 1944 kam Major Emil Spannocchi zur 2. Panzer-Division nach Frankreich. Er wurde zum Abteilungs-Adjutanten der I. Abteilung ernannt. Eine Panzer-Abteilung im 3. Panzer-Regiment. Bei Invasionsbeginn schickte man ihn und seine Abteilung per Bahn von Arras/Amiens über Paris nach Caen an die Front. Nach schweren Kämpfen im Raum Caen und dem Kessel von Falaise Anfang September 1944, blieben nur mehr 1200 Mann der einst so kampfkräftigen 2. „Wiener“ Panzer-Division übrig. Danach nahm man die Reste von der noch übrig gebliebenen Division aus dem Kampfgeschehen heraus und schickte Spannocchi mit seinen Männern zur Erholung in den Großraum Bitburg.
Am 10. Dezember 1944 wurde Major Spannocchi zum Zweiten Generalstabsoffizier (Ib) der 2. Panzer-Division ernannt.
Am 16. Dezember 1944 erfolgte mit der Ardennenoffensive ein großangelegter Angriff auf amerikanische Stellungen. Im Rahmen der Division rückte er bis in den Raum Bastogne vor, wo man unter anderem den Fallschirmjägern der 101. Airborne-Division gegenüberstand.
Nach der gescheiterten Offensive im Jänner 1945 ging es für den Major in schweren Rückzugskämpfen von Belgien über den Rhein bis nach Plauen in Bayern, wo die 2. Panzer-Division kapitulierte.
Das Kriegsende erlebte er von ca. 8. Mai bis 3. Juni 1945 in amerikanischer Kriegsgefangenschaft.
Nach dem Krieg war Spannocchi in Mailand in der Privatwirtschaft tätig. Trotz schlechterer Bezahlung diente er ab 1954 wieder der B-Gendarmerie, dem Vorläufer des österreichischen Bundesheeres, und war an der Neuaufstellung beteiligt.
Bekannt wurde er durch die unter seiner Federführung als Armeekommandant erstellte „Spannocchi-Doktrin“, ein Raumverteidigungskonzept, nach dem das Bundesheer in den Jahren 1973 bis 1986 unter Bundeskanzler Bruno Kreisky umorganisiert wurde. Weiter war Spannocchi erster Präsident der Arbeitsgemeinschaft Katholischer Soldaten (1973–1977).
1978 wurde er zum Leiter der Sektion III im Bundesministerium für Landesverteidigung ernannt und wurde am 30. September 1981 in den Ruhestand versetzt. Auch nach seinem Ausscheiden blieb er dem Bundesheer verbunden, so hielt er Vorträge und gab militärjournalistische Stellungnahmen ab. Im Mai 1992 erlitt er während eines Ausrittes einen Schlaganfall und zog sich durch einen Sturz vom Pferd schwere Kopfverletzungen zu, infolge derer er am 29. August 1992 im Krankenhaus Wiener Neustadt verstarb. Seine Grabstätte befindet sich auf dem Friedhof der Theresianischen Militärakademie in Wiener Neustadt.
Stefan Bader: An höchster Stelle. Die Generale des Österreichischen Bundesheeres der Zweiten Republik. Wien 2004 (online)
Emil Spannocchi in: Internationales Biographisches Archiv 46/1992 vom 2. November 1992, im Munzinger-Archiv (Artikelanfang frei abrufbar)
Georg Markus: Die Akte Redl. Ullstein Sachbuch Wien München, 1986, S. 142–143 ISBN 3-548-34354-6.
Andreas Steiger: General der Panzertruppe Emil Spannocchi und das Raumverteidigungskonzept. In: Österreichische Militärische Zeitschrift. Bd. 61 (2023), Heft 3, S. 340–351.