Eine erste Erwähnung Bowdons findet sich im Domesday Book aus dem 11. Jahrhundert als "Bogedone".[1] Der Name des Dorfes leitet sich vom altenglischenBoga-dūn her und bedeutet "Bogendorf". Vermutlich im späten 11. oder dem 12. Jahrhundert wurde Watch Hill Castle erbaut, eine Motte, von der heute nur noch Reste des Walls übrig sind.
Zwischen 1849 und 1881 bestand eine Bahnanbindung an Manchester.