Das Bündner Land bestand seit dem 14./15. Jahrhundert bis 1798 aus drei Teilstaaten (Bünden): Der Gotteshausbund in Chur mit elf Hochgerichten, der Obere oder Graue Bund (Graubünden) in Disentis mit acht und der Zehngerichtebund in Davos mit sieben Hochgerichten.
Von Salis fand sich mit der Niederlage nicht ab. Während sich Beatus a Porta zur Weihe in Rom befand, plünderte er das fürstbischöfliche Schloss, liess es in Brand stecken und teilweise zerstören.
Am 10. Februar 1566 erhielt Bischof Beatus a Porta von Kaiser Maximilian II. die Reichsregalien. Am 4. Juni desselben Jahres huldigte ihm die Stadt Chur, der Obere/Graue Bund und der Zehngerichtebund. Der Gotteshausbund hielt weiter an Salis fest und verweigerte dem neuen Bischof die Huldigung. Am 28. Juni 1566 resignierte Salis und verliess Ende des Jahres das fürstbischöfliche Schloss; 1570 verzichtete er auf sein Kanonikat in Chur und verstarb noch im selben Jahr in Albosaggia im Veltlin.
Bischof Beatus a Porta, der auf der Fürstenburg Schutz suchte, kehrte am 2. Januar 1567 nach Chur zurück, es gelang ihm aber nicht, das Vertrauen des Gotteshausbundes zu erringen. Immer wieder kam es zu Streitigkeiten, sodass er gezwungen war, sich 1575 wieder auf seine Fluchtburg im Vinschgau zurückzuziehen. Er weigerte sich, in sein Bistum Chur zurückzukehren und ernannte 1576 Dompropst und GeneralvikarNicolaus Venosta zu seinem Stellvertreter in Chur. Der Gotteshausbund besetzte wichtige Ämter, dem Bischof entzog man die weltliche Gewalt und sperrte seine Einkünfte. Am 25. Februar 1580 erklärte Beatus a Porta unter dem Druck des päpstlichen Gesandten Giovanni Francesco Bonhomini seinen Rücktritt. Seine Resignation wurde mit der Ausstellung eines Pensionsvertrages vom 4. Juni 1581 rechtskräftig, der ihm eine jährliche Rente von 400 Gulden zusicherte. Er zog sich in ein Privathaus in seiner ihm bereits 1576 auf die Präsentation des Erzherzogs Ferdinand von Österreich von Papst Gregor XIII. (1572–1585) verliehenen Pfarrei St. Johannes der Täufer zu Tirol zurück, die auch die Stadt Meran umfasste.
Erwin Gatz: Die Bischöfe des Heiligen Römischen Reiches. 1448 bis 1648. Duncker und Humblot, Berlin 1996, ISBN 3-428-08422-5, S. 549 f.
Albert Fischer: Reformatio und Restitutio: Das Bistum Chur im Zeitalter der tridentinischen Glaubenserneuerung. Zugleich ein Beitrag zur Geschichte der Priesterausbildung und Pastoralreform (1601–1661). Chronos, Zürich 2000, ISBN 3-905314-14-2, S. 148–155.
