Don Francesco aus dem Adelsgeschlecht der Pisani wurde am 1. Juli 1517 von Papst Leo X. in seinem fünften Konsistorium zum Kardinal kreiert. Er bekam zunächst 1518 die Titeldiakonie von San Teodoro, später als Kardinalpriester die Titelkirche San Marco (1527–1555; in commendam 1555–1564) zugewiesen. Am 8. August 1524 wurde er zum Bischof von Padua ernannt. Die Bischofsweihe spendete ihm am 5. Mai 1527 der Kardinalbischof von Ostia e Velletri, Kardinaldekan Alessandro Farnese, der spätere Papst Paul III. Dieses Amt übte er bis 1567 aus. Von 1529 bis 1545 war er Kardinaldiakon von Sant’Agata dei Goti. In den Jahren 1555 und 1557 folgten die Ernennungen zum Kardinalbischof von Albano (1555–1557) und Frascati (1557–1562). 1562 bis 1564 war Pisani Kardinalbischof von Porto e Santa Rufina, schließlich ab 1564 noch Kardinalbischof von Ostia e Velletri. Als solcher war er zugleich von 1564 bis zu seinem Tode Dekan des Kardinalskollegiums.