Der Bahnhof erstreckt sich fast genau in Nord-Süd-Richtung. Die Streckentrennung war im Süden des Bahnhofs. 1920 gab es in Neustadt, auf der Seite der Naabtalbahn, zwei Durchgangsgleise und ein Ausweichgleis, alle mit einer Nutzlänge von 620 m und mit einem Bahnsteig. Südlich des Empfangsgebäudes war noch ein Abstellgleis und das Freiladegleis. Auf der Nebenbahnseite im Osten gab es ein Hauptgleis, ein Ausweichgleis und zwei Abstellgleise. Der Bahnsteig war schon nördlich der Weichen in Höhe des Empfangsgebäudes, eigentlich eher auf dem Bahnhofsvorplatz gelegen.
Am 29. Mai 1992 endete der Personenverkehr auf der Strecke nach Eslarn, der zuletzt nur noch bis Floß ging. Kurz darauf, am 28. Mai 1995, endete auch der Güterverkehr, nur noch ein Anschlussgleis einer Glaswarenfabrik im Stadtgebiet von Neustadt etwa einen Kilometer vom Bahnhof entfernt wurde bis zum 31. Dezember 2001 noch bedient.
Da der Bahnhof sowohl für Altenstadt wie Neustadt etwas abgelegen lag, wurde südlich des Bahnhofs der Haltepunkt Altenstadt am 9. Dezember 2007 eröffnet. Gleichzeitig wurde ein Stumpf der Strecke nach Eslarn mit der 1984/85 generalüberholten Brücke über die Waldnaab als Gleis 22 des Bahnhofs Neustadt reaktiviert und ein näher am Ortszentrum von Neustadt gelegener Bahnsteig gebaut. Er liegt etwa 200 m vor dem ehemaligen Haltepunkt St. Felix. Alle Gleise im alten Bahnhof Neustadt auf der Nebenbahnseite wurden zurückgebaut.
Die Nebengleise sind heute auch auf der Hauptbahnseite entfernt, das Empfangsgebäude und der Güterschuppen sind 2019 noch vorhanden.
Neuer Bahnsteig in der Ortslage Neustadt
Etwa 200 m südlich des früheren Haltepunktes St. Felix an der Strecke nach Eslarn wurde am 9. Dezember 2007 eine neue Zugangsstelle für den Reiseverkehr eröffnet, die ein Bahnhofsteil des Bahnhofes Neustadt (Waldnaab) ist. Die bislang in Weiden endenden Regional-Express-Züge von Nürnberg Hbf verkehren seitdem bis dorthin und wenden dort. Der Bahnsteig hat eine Nutzlänge von 115 Metern und eine Systemhöhe von 550 Millimetern über Schienenoberkante.