Den anden generation af Audi Coupé var baseret på den i august1986 introducerede Audi 80 B3, men var i modsætning til forgængeren en komplet selvstændig udvikling med optiske træk fra Audi 80. Den også her benyttede store bagklap var hængslet i taget, bagsædet kunne klappes frem, læssekanten lå oven over baglygterne og de modificerede kofangere var lakeret i bilens farve. På basis af disse træk opstod senere den første Audi Cabriolet.
I juli 1994 udgik også den 5-cylindrede 2,3-litersmotor, som blev afløst af den allerede i 1992 introducerede 2,6-liters V6-motor. Kun den 5-cylindrede 20V-turbomotor i S2 fortsatte frem til produktionens afslutning i december 1996.
Tidslinje
1988: Introduktion af Audi Coupé B3 med 2,3 E- og 2,0 20V-motorer. 2,0 20V fås ikke i Tyskland, da den ikke har katalysator.
1990: Introduktion af S2, allerede med optiske træk fra den senere introducerede Audi 80 B4.
1991: Facelift til Coupé i juli med optik fra S2, dog uden dennes kofangere, som først kom i modelåret1993. Introduktion af 2,8 V6 i september.
Acceleration fra 0 til 100 km/t med 7A- og AAH-motor med quattro ca. 0,2 sek. hurtigere, i alle versioner med automatgear ca. 2 sek. langsommere.
Drivlinie
Audi Coupé B3 havde som standard forhjulstræk og femtrins manuel gearkasse, mens modellerne 2,0 E, 2,3 E, 2,3 20V, 2,8E som ekstraudstyr kunne fås med firetrins automatgear (2,0E med 3A/AAD-motor kun tre gear), og modellerne 2,3 E, 16V, 20V, 2,6 E og 2,8 E med quattro-firehjulstræk.
Coupé S2 fandtes kun med quattro-firehjulstræk, hvor modellen med ABY-motor havde seks gear.