Studoval na vojenské akademii v Kodani. Po nezdařených námluvách s Viktorií, královnou Velké Británie, uzavřel 24. dubna roku 1842 sňatek s německou princeznou (sestřenicí 2. stupně) Luisou Hesensko-Kasselskou, neteří dánského krále Kristiána VIII., s níž měl později tyto děti:
Frederik (3. června 1843 – 14. května 1912), budoucí dánský král Frederik VIII., ⚭ 1869 Luisa Švédská (31. října 1851 –20. března 1926)
Marie Sofie Dagmar (26. listopadu 1847 – 13. října 1928) po sňatku přijala jméno Marie Fjodorovna, ⚭ 1866 velkokníže Alexandr (10. března 1845 – 1. listopadu 1894), budoucí ruský car Alexandr III.
Thyra (29. září 1853 – 26. února 1933), ⚭ 1878 Ernest Augustus Hannoverský (21. září 1845 – 14. listopadu 1923), korunní princ hannoverský, dědic Brunšviku, vévoda z Cumberlandu a Teviotdale
Valdemar (27. října 1858 – 14. ledna 1939), ⚭ 1885 Marie Orleánská (13. ledna 1865 – 4. prosince 1909), francouzská princezna
Díky tomu, že jeho děti se staly manželi či manželkami významných evropských monarchů, jejichž děti obsadily další trůny, bývá nazýván tchánem Evropy.
Následníkem dánského trůnu
Jelikož následník krále Kristiána VIII., pozdější král Frederik VII., nebyl schopen mít mužské potomky, uzákonil podle zásad agnatické primogenitury, že následníkem se stal Kristián z vedlejší větve Oldenburků z dynastie Schleswig-Holstein-Sonderburg-Glücksburg, jenž se po smrti krále Frederika VII. skutečně stal králem Dánska jako Kristián IX. K výběru právě prince Kristiána přispělo především to, že on i jeho žena Luisa Hesensko-Kasselská byli oba v přímé následnické linii dánského trůnu: Kristián byl pravnukem Frederika V. (vnukem jeho dcery Luisy Dánské), stejně tak byla Luisa Hesensko-Kasselská pravnučkou Frederika V. a vnučkou mladšího syna Frederika V. z druhého manželství, Frederika Dánského). Luisa Hesensko-Kasselská stála sice ve svých nárocích na dánský trůn až jako druhá po své matce Luise Šarlotě (dcera Frederika Dánského), která však se jich 18. července roku 1851 v Kodani za přítomnosti svého bratra Frederika Ferdinanda a ministrů zahraničí a spravedlnosti slavnostně ve prospěch své dcery vzdala; ta pak se jich obratem vzdala ve prospěch svého manžela, šlesvicko-holštýnského prince Kristiána. Ten pak po smrti Frederika VII.15. listopadu1863 skutečně nastoupil na dánský trůn jako král Kristián IX.
Vláda
Několik dní po nástupu na trůn Kristián pod tlakem veřejnosti vydal ústavu, kterou prohlásil připojení vévodství Šlesvického a Holštýnského k Dánsku a severní německé státy za své državy. Proti takovému postupu následovaly protesty německých vévodství v čele s Fridrichem Augustenborgem, který se obrátil přímo na říšský sněm ve Frankfurtu. S podporou Rakouska a Pruska Fridrich sešikoval vojsko o 70 000 mužích, které 1. února1864 vpadlo na sporná území. Roku 1863 pak bylo Šlesvicko začleněno přímo do Dánska, což bylo zjevným porušením Londýnského protokolu z roku 1851, v němž se Dánsko mimo jiné zavázalo ponechat Šlesvicku jeho práva. Důsledkem byla následující dánsko-německá válka, roku 1864 pak Prusko s Rakouskem a ostatními německými státy bojovalo proti Dánsku, které chtělo oddělit jím ovládané Holštýnsko a Lauenbursko od Německého spolku (dánský král byl v rámci personální unie také vévodou Šlesvicka-Holštýnska, ale Holštýnsko bylo spolu s Lauenburskem na rozdíl od severnějšího Šlesvicka členem Německého spolku) a začlenit je do Dánska. V této válce bylo Dánsko poraženo, Šlesvicko se stalo prusko-rakouským kondominiem, Holštýnsko připadlo Rakousku a Lauenbursko s titulem vévodství Prusku. Před takovým aktem síly se Dánsko vzdalo svrchovanosti nad dotčenými územími, a to smlouvou podepsanou ve Vídni v říjnu téhož roku.
28. června1866 byla slavnostně vyhlášena další Ústava, již s ohledem na území ztracená v důsledku války. Kristián musel ovšem řešit i řadu krizí vnitřních, způsobených bojem mezi liberálními a konzervativními silami o kontrolu Říšského sněmu. Kristián se stavěl na stranu konzervativní vlády, se svým ministrem Estrupem vládl prostřednictvím kompromisů až do roku 1894. Po triumfu Agrární strany v roce 1901 dovolil této straně sestavit novou vládu.
Jeho oficiální titul byl:
Kristián IX., z milosti Boží, král Dánska, Wendů a Gothů, vévoda Šlesvický, Holštýnský, Stormarnský, Dithmarschenský, Lauenburský a Oldenburský.
Jeho panování je ve znamení ekonomického rozvoje země ve všech oblastech – rozvíjí se průmysl i intenzivní zemědělství (jak rostlinná, tak živočišná výroba).
1Je zde použita šablona {{Note label}} označená jako k „pouze dočasnému použití“. také norský princ 2Je zde použita šablona {{Note label}} označená jako k „pouze dočasnému použití“. také řecký princ 3Je zde použita šablona {{Note label}} označená jako k „pouze dočasnému použití“. také islandský princ 4Je zde použita šablona {{Note label}} označená jako k „pouze dočasnému použití“. také britský princ 5Je zde použita šablona {{Note label}} označená jako k „pouze dočasnému použití“. titul dánského prince udělen princové, kteří přišli o titul, jsou zobrazeni kurzívou