Va ostentar el càrrec de Primer ministre de Luxemburg durant tres legislatures pel Partit Popular Social Cristià. Guanyà les primeres eleccions el 1959, i desenvolupà el càrrec fins al 1974, renovant la seva victòria a les urnes el 1964 i el 1968. El 1974 perdé les eleccions davant Gaston Thorn, i després d'un parèntesi fins al 1979 tornà a guanyar les eleccions aquell any desenvolupant novament el càrrec de Primer Ministre fins al 1984.[2]
Visió europea
En qualitat de Primer Ministres de Luxemburg, el 1970, Werner va presentar al Consell Europeu i a la Comissió Europea un informe que recull les bases del camí vers a la Unió i Econòmica i Monetària d'Europa. El document fou batejat com a Pla Werner, establert basant-se en tres objectius:
Convertibilitat irreversible de les monedes comunitàries
Centralització de la política monetària i creditícia