Nascut el març de 1948 a Ciutat de Mèxic. Després de doctorar-se en bioquímica per la Universitat Nacional Autònoma de Mèxic (UNAM) va entrar a formar part del Centre d'Investigació d'Enginyeria Genètica i Biotecnologia d'aquesta mateixa universitat realitzant estudis sobre Biologia Molecular i Biotecnologia, sent un dels investigadors més destacats en el desenvolupament de tècniques per al maneig i caracterització del material genètic de les cèl·lules.
Els seus estudis han contribuït de forma molt significativa al disseny, construcció i caracterització de vehicles moleculars per a la donació i expressió de l'àcid Desoxiribonucleic (ADN). El 1977 va participar en la producció mitjançant tècniques d'enginyeria genètica de proteïnes humanes en bacteris, com la insulina i la somatostatina.
Bolívar Zapata ha estat membre de diversos comitès d'experts de la UNESCO i l'Organització Mundial de la Salut, publicant al voltant d'un centenaar d'articules i llibres divulgatius.
