Fam188a je kodirangenomDerp5 sa kratkog kraka hromosoma 10 p13.[6][7] Fam188a and its paralogs in other species are all members of the DUF4205 superfamily of protein domains. Fam188a is a highly conserved gene found in all vertebrates. Fam188a is a gene expressed throughout the body.[8]
Predviđena struktura proteina Fam188a using I-TASSER
Homologija
Sve upoređene vrste sisara imaju 95-99% homologne sličnost sa Fam188a Homo sapiens. Uzroci za to nisu poznati, ali se može zaključiti da Fam188a mora imati važnu ulogu u pravilnoj ćelijskoj funkciji sisara, jer čak i male promjene s vremenom u važnim genima mogu drastično promijeniti njihovu funkciju.
Evolucijsko poređenje Fam188a-a različitih vrsta
Ptice, ribe i insekti također imaju sličnost u rasponu 30-40% s Fam188a Homo sapiens. Iako postoji nekoliko stotina miliona godina odstupanja od ljudi i insekata, činjenica da još uvijek postoji 40% sličnosti kod insekata čini se da sugerira da se ovaj gen nije toliko promijenio tokom tako dugog vremenskog perioda, i odavno su bili važni i za druge vrste. Obrasci prerade kod ovih drugih vrsta nisu poznati, ali kod ljudi postoji najmanje 19 različitih izoformi, ali sa samo jednim glavnim paralogom: Fam188b.[9] Ovaj paralog se strukturno razlikuje u tri egzona od Fam188a.
Fam188a je lanac od 445 aminokiselina. Strukturno, ne ispoljava mnogo zanimljivih regija koje bi ga lahko mogle odvojiti od drugih proteina. Fam188a nema transmembranske domene, nema ponavljajućih sekvenci
I-TASSER-ski[10] rezultati savijanja proteina pokazuju da proteinski proizvod Fam188a ima sličnu strukturu kao 1CFF,[11]peptidno vezujuči kalmodulin. Kalmodulin je također uključen u ćelijsku apoptozu, pa to može rasvijetliti i teorijsku funkciju Fam188a.
Savijanje proteina je funkcionalno najsličnije 3LEW,[12] “SusD-olikom ugljikohidratnom veznom proteinu Bacteroides vulgatus” (Joint Center for Structural Genomics). 3LEW dijeli 90% sličnosti s Fam188a, i iako to nije dovoljno za stvaranje konkretne veze, dovoljno je uspostaviti osnovnu ideju o povezanim strukturama. Još jedan funkcionalno sličan protein (81%) je 3SNX, "navodni protein sličan SusD-u, koji se vezuje za ugljikohidrate iz" "Bacteroides thetaiotaomicron" "VPI-5482".[13] Može se pretpostaviti da funkcija Fam188a ima ulogu u apoptozi ćelija, i to zato što dijeli strukturne sličnosti s drugim proteinima koji su uključeni u ovaj proces. Iako ne postoji CARD domen koji bi se normalno nalazio u apoptotskom peptidu, fam188a dijeli sličnu funkciju s 1cffA, "peptidom koji veže kalmodulinske Ca2+ pumpe".[11] Budući da je poznato da kalmodulin izazaziva apoptozu u različitim tkivima putem Ca2+ pumpe [14][15] i 1cffA dijeli 26% sličnosti s Fam188a, mže se pretpostaviti da je apoptoza uistinu funkcija Fam188a. Druge molekule slične Fam188a su 1linA,[16] i 1qx7M, koje imaju 23% i 18% strukturne sličnosti, a obje ove molekule djeluju ili sa Ca2+ pumpom ili ekspresijom kalmodulina.
Tkivna ekspresija Fam188a u različitim tjelesnim organima
^ abPDB1CFF; Elshorst B, Hennig M, Försterling H, Diener A, Maurer M, Schulte P, Schwalbe H, Griesinger C, Krebs J, Schmid H, Vorherr T, Carafoli E (1999). "NMR solution structure of a complex of calmodulin with a binding peptide of the Ca2+ pump". Biochemistry. 38 (38): 12320–32. doi:10.1021/bi9908235. PMID10493800.
^Ui-Tei K, Nagano M, Sato S, Miyata Y (2000). "Calmodulin-dependent and -independent apoptosis in cell of a Drosophila neuronal cell line". Apoptosis. 5 (2): 133–40. doi:10.1023/A:1009676528805. PMID11232241. S2CID33324141.
