Това е списък на ректорите на Софийския университет от създаването на Висшия педагогически курс на 1 октомври 1888 г. до днес.^[1] До Деветосептемврийския преврат и края на Втората световна война, ректорите се избират за академичната година, започваща на 1 октомври.

№	Портрет	Име (Роден-Починал)	Встъпил в длъжност	Напуснал длъжност	Бележки	Друго
Ректори на Софийския университет
1		Александър Теодоров-Балан (1859 – 1959)	1888	1889	Първият ректор на Алма матер на българското висше образование – висш педагогически курс.	Филолог.
2		Димитър Агура (1849 – 1911)	1889	1890	Вторият ректор сред първите преподаватели във висшия педагогически курс.	Историк.
3		Емануил Иванов (1857 – 1925)	1890	1891	Третият ректор и първи сред учените по точни науки.	Математик.
4		Иван Георгов (1862 – 1936)	1891	1892	Първият председател на Македонския научен институт.	Философ.
2		Димитър Агура (1849 – 1911)	1892	1893	Във висшия педагогически курс се открива първият факултет – юридическия.[2]	За втори път и за първи път преизбран ректор.
3		Емануил Иванов (1857 – 1925)	1893	1894	Първият ректор сред учените по точни науки.	За втори път.
2		Димитър Агура (1849 – 1911)	1894	1895	Висшият педагогически курс е преобразуван със закон във висше училище, първо в България. То се разделя на три факултета: Историко-филологически, Физико-математически и Юридически.[3]	За трети път преизбран ректор.
5		Марин Бъчеваров (1859 – 1926)	1895	1896	Основоположник на метеорологията в България.	Астроном.
1		Александър Теодоров-Балан (1859 – 1959)	1896	1897	Първи ректор и на висшето училище.	За втори път.
6		Георги Златарски (1854 – 1909)	1897	1898	Основоположник на геологията в България.	Геолог.
4		Иван Георгов (1862 – 1936)	1898	1899	Първият ректор – философ.	За втори път.
7		Никола Добрев (1861 – 1925)	1899	1900	Първият ректор – химик.
8		Любомир Милетич (1863 – 1937)	1900	1901	Първият ректор на XX век.	Филолог.
6		Георги Златарски (1854 – 1909)	1901	1902	По време на втория му ректорски мандат, на 9 април 1902 г. е почетен като първи(я) доктор хонорис кауза (на правото) на висшето училище – Екзарх Йосиф I.	За втори път ректор.
1		Александър Теодоров-Балан (1859 – 1959)	1902	1903	Първи ректор и на висшето училище.	За трети път.
9		Бончо Боев (1859 – 1934)	1903	1904	Първият финансист по занятие – ректор, и като завършил право в Московския университет. По време на мандата му е организирано първото тържествено отбелязване на 15-годишната история на висшето училище (и образование) в България.	Първият юрист избран за ректор. Управител на БНБ.
6		Георги Златарски (1854 – 1909)	1904	1905	По време на третия му ректорски мандат, Висшето училище прераства в Университет. Поставя се началото на нов етап в развитието на висшето образование в България на основата на увеличения брой преподавани дисциплини, с разностранен профил, из областите на хуманитарните дисциплини и точните науки.	За трети път ректор.
4		Иван Георгов (1862 – 1936)	1905	1906	Първият ректор – философ и първи председател на Македонския научен институт.	За трети път.
10		Стефан Киров (1861 – 1948)	1906	1907	Първият юрист по занятие и призвание – ректор на Университета. По време на ректорския му мандат избухва университетска криза (1907).	Вторият ректор доживял и преживял Деветосептемврийския преврат, след Александър Теодоров-Балан.
2		Димитър Агура (1849 – 1911)	1907	1908	Първият ректор удостоен с честта да бъде избиран четири пъти и за първи път на Университета. Този му ректорски мандат, заради университетската криза, не е одобрен от министъра на народното просвещение.	За четвърти път преизбран ректор.
11		Пенчо Райков (1864 – 1940)	1908	1909	Автор на първата българска научна публикация по химия.	Химик.
12		Михаил Поповилиев (1873 – 1928)	1909	1910	Третият ректор – юрист.	Специалист по международно право.
13		Беньо Цонев (1863 – 1926)	1910	1911	Основоположник на българистиката и първи съставител на опис на ръкописите в Народна библиотека „Св. св. Кирил и Методий“.	Първият историк на българския език.
14		Степан Юринич (1855 – 1947)	1911	1912	Първият зоолог – ректор.	Първият и единствен чуждестранен учен избиран за ректор.
10		Стефан Киров (1861 – 1948)	1912	1913	Първият юрист преизбиран за ректор на Университета.	За втори път.
15		Васил Златарски (1866 – 1935)	1913	1914	Основоположник на българската медиевистика.	По-малък брат на Георги Златарски – на три пъти предходно избиран за ректор.
16		Георги Бончев (1866 – 1955)	1914	1915	Вторият ректор – геолог.	Третият ректор доживял и преживял Деветосептемврийския преврат.
17		Анастас Иширков (1868 – 1937)	1915	1916	Основоположник на българската географска наука.	По време на ректорския му мандат, България влиза в Първата световна война.
4		Иван Георгов (1862 – 1936)	1916	1917	Първият ректор – философ и първи председател на Македонския научен институт.	За четвърти път.
18		Георги Шишков (1865 – 1943)	1917	1918	Основател на Зоологическия институт при Софийския университет.	Зоолог.
4		Иван Георгов (1862 – 1936)	1918	1919	Първият ректор – философ и единствен избиран петкратно.	С последния му ректорски мандат България излиза победена от Първата световна война със Солунското примирие, като в годините от 1918 до 1923 се откриват 4 нови факултета – Медицински, Агрономо-лесовъден, Богословски, Ветеринарно-медицински.
19		Александър Цанков (1879 – 1959)	1919	1920	Първият ректор – юрист, завършил Юридическия факултет на Софийския университет. Първият ректор роден след Освобождението на България.	По време на ректорския му мандат е сключен Ньойския договор. Първият ректор с последваща политическа кариера.
20		Методий Попов (1881 – 1954)	1920	1921	Първият биолог – ректор.	Специалист по сравнителна анатомия, паразитология и хистология. По време на ректорския му мандат Иван Вазов е отличен със званието доктор хонорис кауза, като „народен поет“ по царски указ.
8		Любомир Милетич (1863 – 1937)	1921	1922	Първият ректор на XX век.	За втори път, но първи на Университета.
21		Захари Караогланов (1878 – 1943)	1922	1923	Основоположник на българската аналитична химия.	По време на ректорския му мандат е извършен Деветоюнския преврат.
22		Васил Моллов (1875 – 1938)	1923	1924	Първият медик – ректор след откриването на четири нови факултета.	Основоположник на книничната микробиология.
15		Васил Златарски (1866 – 1935)	1924	1925	Основоположник на българската медиевистика.	За втори път ректор.
23		Стефан Петков (1866 – 1951)	1925	1926	Първият ботаник – ректор след откриването на четири нови факултета.	Инициатор за приемането на първия български закон за опазване на околната среда – за защита на родната природа.
24		Владимир Алексиев (1879 – 1948)	1926	1927	Първият фармаколог – ректор след откриването на четири нови факултета.	Основоположник на българската фармация.
25		Гаврил Кацаров (1874 – 1958)	1927	1928	Първият ректор – археолог.	Основоположник на българската тракология.
18		Георги Шишков (1865 – 1943)	1928	1929	По време на втория му ректорски мандат е издигнат третият доктор хонорис кауза и първия държавен глава доктор на Университета – цар Борис III. На професор Павел Милюков също е присъдено почетното научно звание „доктор по заслуги“ на Университета по случай 40-годишнината на Университета.[4]	За втори път.
26		Стефан Баламезов (1883 – 1960)	1929	1930	Вторият ректор – юрист, завършил Юридическия факултет на Софийския университет. Предходно през 1926/27 академична година е декан на първия факултет на Университета.	Специалист по конституционно право. По време на ректорския му мандат е присъдено петото университетско докторско звание за заслуги на Марин Русев.
27		Стоян Киркович (1875 – 1960)	1930	1931	Основоположник на българската пропедевтика на вътрешните болести.	Медик.
28		Богдан Филов (1883 – 1945)	1931	1932	Първият ректор осъден на смърт и разстрелян като държавен престъпник.	Археолог и политик.
21		Захари Караогланов (1878 – 1943)	1932	1933	Основоположник на българската аналитична химия.	За втори път.
29		Любен Диков (1895 – 1973)	1933	1934	Първият българин – член на Академията за германско право.	Джорджо дел Векио и Петър Мюленс стават доктор хонорис кауза на Университета. Осъден от Народния съд и репресиран. Първият ректор доживял и живял при Живковската конституция.
22		Васил Моллов (1875 – 1938)	1934	1935	Първият медик – ректор.	За втори път. Никълъс Мъри Бътлър става доктор хонорис кауза на Университета.
30		Михаил Арнаудов (1878 – 1978)	1935	1936	Изследовател на българското възраждане.	Литературен историк.
31		Георги Манев (1884 – 1965)	1936	1937	Първият физик – ректор.	Първият български университетски преподавател по теоретична физика.
32		Георги Генов (1883 – 1967)	1937	1938	Юрист – специализант по международно публично право.	Академик на БАН, автор на изследване по политическа и дипломатическа история на Източния въпрос.
33		Александър Станишев (1888 – 1945)	1938	1939	Първият хирург – ректор.	В дните 21 – 25 май 1939 г. по време на ректорския му мандат е тържествено отбелязана 50-годишнината на Университета, вече носещ името на Климент Охридски. Академичният съвет присъжда 99 звания „доктор хонорис кауза“.[5] Осъден на смърт от Народния съд и разстрелян заради политическата си кариера и дейност.
34		Янаки Моллов (1882 – 1948)	1939	1940	Първият (агро)икономист – ректор на Университета.	Непосредствено преди ректорския му мандат избухва Втората световна война, хвърляйки сянка върху Университета.
35		Стефан Цанков (1881 – 1965)	1940	1941	Първият богослов – ректор.	По време на ректорския му мандат България си връща Южна Добруджа и се присъединява към Тристранния пакт.
36		Стефан Ангелов (1876 – 1964)	1941	1942	Първият декан на Ветеринарно-медицинския факултет.	Микробиолог.
37		Димитър Кацаров (1881 – 1960)	1942	1943	Първият педагог и психолог – ректор.	Ректор в разгара и прелома на Втората световна война.
38		Любомир Чакалов (1886 – 1963)	1943	1944	Специалист по висш анализ.	Математик.
39		Димитър Силяновски (1892 – 1971)	1944	1945	Последният юрист и ректор избиран за академичната година.	Деветосептемврийският преврат осуетява ректорството му.
40		Димитър Ораховац (1892 – 1963)	1945	1947	Първият ректор за две последователни академични години.	Лекар – физиолог.
41		Георги Наджаков (1897 – 1981)	1947	1951	Автор на първото българско научно откритие.	Физик. По време на ректорството му е приета и влиза в сила Димитровската конституция.
42		Владимир Георгиев (1908 – 1986)	1951	1956	Първият ректор – класически филолог.	Филолог.
43		Даки Йорданов (1893 – 1978)	1956	1962	Първият ботаник – ректор.	Член-основател на Българското ботаническо дружество. Първият ректор избран след Априлския пленум на ЦК на БКП (1956). Последният ректор роден през XIX век.
44		Димитър Косев (1904 – 1996)	1962	1968	Първият ректор доживял и преживял Ноемврийския пленум на ЦК на БКП (1989).	Историк.
45		Пантелей Зарев (1911 – 1997)	1968	1972	Литературен критик и специализант по теория на литературата.	Философ.
46		Христо Христов (1915 – 1990)	1972	1973	Основоположник на ИЯИЯЕ.	Физик. Първият ректор избран след влизането в сила на Живковската конституция.
47		Благовест Сендов (1932 – 2020)	1973	1979	Първият информатик – ректор.	Математик и политик. Председател на БАН и председател на Народното събрание. Първият ректор доживял и живял през XXI век.
48		Илчо Димитров (1931 – 2002)	1979	1981	Избран за ректор в контекста на честванията „1300 години България“.	Историк.
49		Георги Близнаков (1920 – 2004)	1981	1986	Член на редица чуждестранни академии на науките.	Химик и физикохимик.
50		Минчо Семов (1935 – 2006)	1986	1989	Първият политолог – ректор. Юбилеен 50-ти ректор.	Философ. По време на ректорстването му, по случай 100-годишнината на Университета, в дните от 3 до 8 октомври 1988 г. са проведени юбилейни тържества. Доктор хонорис кауза на Университета стават Дмитрий Лихачов и Рикардо Пикио и редица други чуждестранни учени и политици. Ректор до 15 ноември 1989 г.[6]
51		Никола Попов (1922 – 2015)	1989	1991	Първият ректор след Ноемврийския пленум на ЦК на БКП (1989) и по времето на така наречения преход от тоталитаризъм към демокрация. По време на ректорстването му е приета действащата Конституция на България.	Икономист.
52		Николай Генчев (1931 – 2000)	1991	1993	Вторият ректор – изследовател на българското възраждане, след Михаил Арнаудов.	Историк. По време на ректорстването му много висши училища се преименоват в университети.
53		Иван Лалов (род. 1938)	1993	1999	Последният ректор на XX век.	Физик.
54		Боян Биолчев (род. 1942)	1999	2007	Първият ректор на XXI век.	Филолог и публицист.
55		Иван Илчев (род. 1953)	2007	2015	Професор по нова и най-нова история на балканските народи.	Историк. За първи път ректор е син на друг ректор на Университета.
56		Анастас Герджиков (род. 1963)	2015	2023	Професор по римска литература и специалист по политическата теория на античността и средновековието.	Класически филолог.
57		Георги Вълчев (род. 1962)	2023		Член на управителните съвети на Общобългарски комитет „Васил Левски“ и на Съюза на учените в България.	Философ.