Мария Амалия се омъжва на 12 февруари 1774 г. в Дрезден за пфалцграф Карл III Август Кристиан фон Пфалц-Биркенфелд-Бишвайлер (1746 – 1795) от фамилията на Вителсбахите. Нейният брат Фридрих Август е женен от 1769 г. за Амалия, сестра на годеника ѝ. Двойката резидира в дворец Нойбург и след една година Карл Август, след смъртта на чичо му Кристиан IV, става през 1775 г. херцог на Пфалц-Цвайбрюкен.
След смъртта на нейния съпруг през 1795 г. тя става абатеса на женския манастир Св. Анна в Мюнхен. Тя умира на 20 април 1831 г. в Нойбург на Дунав и е погребана в дворцовата църква. Нейната голяма библиотека е наддавана през 1834 г. в Нойбург на Дунав.
Деца
Мария Амалия и Карл Август имат един син:
Карл Август Фридрих (1776 – 1784), наследствен принц на Пфалц-Цвайбрюкен
Източници
Christian von Stramberg, Anton Joseph Weidenbach: Denkwürdiger und Nützlicher Rheinischer Antiquarius. Das Rheinufer von Coblenz bis zur Mündung der Nahe, Band 8 (= Band 7, Teil 2), Koblenz 1859, S. 684. Digitalisat
Verzeichnis der sämmtlichen Bücher, welche sich in der von der höchstseeligen Frau Herzogin von Pfalzzweibrücken ... zurückgelassen Bibliothek zu Neuburg befinden., Neuburg a. d. Donau 1833. Digitalisat BSB