През 1689 г. Елеонора става кралица на Унгария и след една година на 19 януари 1690 г. в Аугсбург е коронована за императрица от княз-абата на Фулда Плацидус фон Дросте.
Тя се грижи за съпруга си. През 1705/1711 г. тя е императрица-заместник. След смъртта на големия ѝ син през 1711 г. Елеонора Магдалена замества коронования си по-малък син, който по това време е в Испания. Помагат ѝ нейните дъщери.
Смърт
Императрицата умира на 19 януари1720 във Виена по време на молитва в една капела. По нейно желание е погребана в съвсем обикновен дървен саркофаг, облечена с дрехи на „Ордена на „Робините“ на Мария“, в Капуцинеркирхе.
Нейната внучка Мария Терезия слага нейните останки в красив ковчег. Сърцето ѝ се намира в Лоретокапелата на Августинската църква във Виена. През 1980 г. в гроба ѝ намират един златен медал на „Ордена на Робините на честта“.
Деца
Елеонора Магдалена и нейният съпруг имат децата:
Йозеф I (1678 – 1711), император на Свещената Римска империя
Konrad Kramar und Petra Stuiber: „Die schrulligen Habsburger – Marotten und Allüren eines Kaiserhauses“. Ueberreuter, Wien 1999, ISBN 3-8000-3742-4.
Harm Klueting, Wolfgang Schmale: Das Reich und seine Territorialstaaten im 17. und 18. Jahrhundert, LIT Verlag Münster, 2004, S. 69 ff.
Karl August Schimmer: Die Ruhestätten der österreichischen Fürsten aus dem babenberg'schen, habsburg'schen und habsburgischlothringen'schen Stamme, J.P. Sollinger, 1841, S. 36
.jpg){kind=small}
