След смъртта на нейния съпруг Мария Анна се връща в Мюнхен и живее до смъртта си в двора на брат си Максимилиан III. Заедно с нейната сестра Мария Антония и нейната снаха Мария Анна тя превежда през 1773 г. на немски драмата „L'Indigent“ на Мерсие под името „Der Nothleidende“.
Мария Анна умира на 41 години и е погребана в мюнхенскатаТеатинска църква. Сърцето и е погребано отделно и се намира в Гнаденкапелата на Алтьотинг.
Източници
Anne Fleig: Handlungs-Spiel-Räume: Dramen von Autorinnen im Theater des ausgehenden 18. Jahrhunderts, Königshausen & Neumann, 1999, S. 49
Joseph Heinrich Wolf: Das Haus Wittelsbach: Bayern's Geschichte aus Quellen, G. G. Zeh, 1847, S. 429
Alois Schmid: Max III. Joseph und die europäischen Mächte: die Aussenpolitik des Kurfürstentums Bayern von 1745 – 1765, Oldenbourg Wissenschaftsverlag, 1987, S. 242 ff.
Michael Masson: Das Königshaus Bayern: genealogisch bearbeitet und mit historisch-biographischen Notizen erläutert, Verl. des Hrsg., 1854, S. 89
Johannes Werner: Ludwig Georg von Baden und seine beiden Frauen: Anna Maria von Schwarzenberg und Maria Josepha von Bayern – August Georg von Baden und Maria Viktoria von Aremberg. In: Hans Heid (Hrsg.): Die Rastatter Residenz im Spiegel von Beständen der Historischen Bibliothek der Stadt Rastatt. Stadt Rastatt, Rastatt 2007, ISBN 3-923082-60-6, S. 311 – 329