Раждането на Мария-Амалия идва един месец след смъртта на единствения ѝ брат Леополд. Оказва се, че императрица Вилхелмина не може да има повече деца след раждането на дъщеря си Мария, тъй като император Йозеф I заразил съпругата си със сифилис. Бащата на Мария-Амалия притежавал множество любовници и имал много извънбрачни деца, а майка ѝ се отличавала с изключителна набожност.
Наследяване на престола
Бащата на Мария-Амалия умира, когато тя е на девет, и е наследен на престола от брат си – император Карл VI. До 1713 г. Мария-Амалия и по-голямата ѝ сестра Мария Йозефа стоят начело в линията на унаследяване на короните на Австрия и на Свещената Римска империя – право, гарантирано от дядо им Леополд I, който дава предимство на дъщерите на най-големия си син при унаследяването на престола.
През 1713 г. обаче император Карл VI издава т.нар. Прагматическа санкция, която лишава племенничките му от наследствените им права и ги прехвърля върху собствената му дъщеря – Мария Терезия. На Мария-Амалия и сестра ѝ им е забранено да се омъжват, докато не признаят доброволно постановленията на Прагматическата санкция и сами не се отрекат от австрийското си наследство.
Мария-Амалия е била готвена за съпруга на пиемотнския принц Виктор-Амадей, престолонаследник на Сицилия и Савойското херцогство. Предполагало се, че бракът им ще допринесе за политическото сближаваме между Австрия и Сицилия, но плановете се провалят, тъй като Виктор Амадей II, бащата на Виктор-Амадей, отказва предложението.
Брак и борби
Признала Прагматическата санкция и отрекла се от австрийското наследсто, Мария-Амалия се омъжва за баварския херцог и курфюрст на Свещената римска империя Карл. Бракът е сключен на 5 октомври 1722 г. в Мюнхен. След сватбата двойката се установява в замъка Нимфенбург. Бракът с Мария-Амалия позволява на съпруга ѝ да предяви претенциите си за короната на своя покоен тъст, като отхвърли официално Прагматическата санкция от 1713 и започне война срещу Австрия след смъртта на император Карл VI.
През 1741 баварските войски нахлуват в Горна Австрия и с помощта на френските си съюзници превзема и Прага, където Карл е коронован за крал на Бохемия (9 декември 1741 г.) Въпреки че войната продължава, на 24 януари 1742 г. Карл Баварски е избран за Германски крал, а на 12 февруари е коронован и за Свещен римски император. Малко след коронацията Мария-Амалия и съпругът ѝ трябва да бягат от Мюнхен, който е окупиран от австрийски войски. В продължение на три години семейството на Мария-Амалия живее във Франкфурт.
През 1744 година с помощта на Прусия Карл VII успява да прогони австрийците от Бавария, но умира на 20 януари 1745 г. След смъртта на императора Мария-Амалия убеждава сина си Максимилиан да сключи мир с братовчедка ѝ Мария Терезия.
Constantin von Wurzbach: Habsburg, Maria Amalia (deutsche Kaiserin). In: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich. Band 6. Verlag L. C. Zamarski, Wien 1860, S. 22
Peter Claus Hartmann: Karl Albrecht – Karl VII., 1985, ISBN 3-7917-0957-7.
Andrea Rueth: Maria Amalia. In: Jürgen Wurst, Alexander Langheiter: Monachia. Städtische Galerie im Lenbachhaus, München 2005, ISBN 3-88645-156-9, S. 146.