Херберт Хаўптман нарадзіўся ў Нью-Ёрку, старэйшым сынам у сям’і імігрантаў з Аўстра-Венгерскай імперыі — друкара Ізраіля Хаўптмана і прадаўшчыцы Леі Розенфельд. Вырас у Бронксе. У 1937 годзе атрымаў ступень бакалаўра ў Сіці-каледжы пры Нью-Ёркскім універсітэце, дзе ён пазнаёміўся з Джэромам Карле, а ў 1939 годзе — ступень магістра па матэматыцы ў Калумбійскім універсітэце. Падчас вайны служыў спачатку ў ваенна-паветраных сілах ЗША ў якасці інструктара па электроніцы, а затым — афіцэра-метэаролага.
З 1947 года ён пачаў працаваць у ваенна-марской навукова-даследчай лабараторыі ў Вашынгтоне, дзе стаў займацца даследаваннем і стварэннем метадаў матэматычнай апрацоўкі дадзеных рэнтгенаструктурнага аналізу. Карле і Хаўптману ўдалося разлічыць фазу рэнтгенаўскага пучка, г. зн. тое, наколькі адхіліўся кожны прамень пры праходжанні праз крышталь. У 1953 годзе Карле і Хаўптман апублікавалі артыкул аб выніках сваёй працы, але матэматычны апарат аказаўся настолькі складаным, што хімікі не змаглі ацаніць магчымасці іх метаду. Толькі праз 15 гадоў жонка Карле, Ізабэла, фізіка-хімік, ужыла метад на практыцы пры аналізе вялікіх малекул. Яе праца пераканала спецыялістаў у галіне крышталаграфіі ў карыснасці і высокай ступені дакладнасці прамога метаду расшыфроўкі структур.
У 1955 годзе Хаўптман абараніў дысертацыю па матэматыцы ў Мэрылендскім універсітэце па рэнтгенаструктурнаму аналізу.
З 1970 года быў намеснікам дырэктара па навуцы медыцынскага фонду Буфала (штат Нью-Ёрк), а з 1972 года стаў віцэ-прэзідэнтам і навуковым дырэктарам гэтага медыцынскага фонду (цяпер Медыцынскі навукова-даследчы інстытут Хаўптман-Вудварда (Hauptman-Woodward Medical Research Institute)).
У 1992 годзе падпісаў «Папярэджанне чалавецтву»[11].
