Жыў у сваёй рэзідэнцыі крэпасць Траўсніц у Ландсгуце. Атрымаў езуіцкую адукацыю. Вольны час прысвячаў малітвам і рэлігійнай літаратуры. Быў паломнікам.
Кіраванне
У часы кіравання Вільгельма ўсё некаталіцкае насельніцтва вымушана было пакінуць Баварыю. Герцаг сфарміраваў Духоўны савет, які сачыў за становішчам рэлігійных спраў у краіне. Духоўны савет будаваў новыя кляштары, храмы і школы. У той час адбылася вялікая колькасць выпадкаў рэлігійнага спалення ведзьмаў.
Паміж 1583 і 1597 гадамі ў Мюнхене былі пабудаваны асноўныя цэнтры Контррэфармацыі — езуіцкі каледж і езуіцкая царква Св. Міхаіла. Расходы на адпраўку езуіцкіх місіянераў у Амерыку і Азію прывялі да спусташэння казны.
Рэшта жыцця
15 кастрычніка1597 года Вільгельм вырашыў адрачыся ад прастола на карысць свайго сына Максіміліяна, а сам сышоў у манастыр, дзе правёў рэштку жыцця.
Памёр Вільгельм у 1626 годзе ў закладзеным ім палацы Шлайсгайм. Пахаваны ў храме Св. Міхаіла, які ён жа і пабудаваў, калі быў герцагам.
Сям’я і дзеці
Ажаніўся з Рэнатай Латарынгскай (1544—1602) 22 лютага 1568 у Мюнхене. У іх нарадзілася 10 дзяцей, трое з якіх памерлі ў маленстве ці дзяцінстве.
Крыстаф (нар. і пам. 1570)
Крысціна (1571—1580)
Максіміліян I (1573—1651) — герцаг Баварыі з 1597, курфюрст Баварыі з 1623.