Пасля акупацыі нацысцкай Германіяй тэрыторыі Польшчы актыўна ўключыўся ў Рух Супраціўлення ў складзе камуністычнага крыла. Быўшы даўнім і блізкім паплечнікам Уладзіслава Гамулкі, стаў адным з буйных падпольных камуністычных кіраўнікоў у Варшаве. У 1942 годзе — адзін са стваральнікаў Гвардыі Людовай, у студзені 1944 года перафармаванай у Армію Людову. Са студзеня 1944 года — намеснік начальніка Галоўнага штаба Арміі людовай, начальнік кіравання інфармацыі ў Галоўным штабе.
У ліпені 1944 года выйшаў на тэрыторыю, вызваленую Чырвонай Арміяй і прызначаны начальнікам Галоўнага штаба Войска Польскага. Аднак паколькі Спыхальскі не меў ваеннай адукацыі і вопыту баявых дзеянняў, ён не мог прынесці значнай карысці на гэтым пасадзе, калі асноўнай задачай Войска Польскага сталі не партызанскія аперацыі, а шырокамаштабныя баявыя дзеянні па вызваленні краіны. У верасні 1944 года пераведзены на пасаду мэраВаршавы (фактычна тады яго паўнамоцтвы распаўсюджваліся толькі на вызваленую савецкімі войскамі правабярэжную частку горада — Прагу).
Стаў адной з ахвяр барацьбы за лідарства ў Польшчы паміж Уладзіславам Гамулкам і Баляславам Берутам, якая скончылася перамогай апошняга. Спачатку ў красавіку 1949 года пераведзены на менш значную пасаду Міністра аднаўлення і будаўніцтвы Польшчы. Ужо ў лістападзе таго ж года на Пленуме ЦК ПАРП абвінавачаны ў нацыяналістычным ухіле, непадпарадкаванні лініі партыі, выведзены з Палітбюро і адпраўлены на працу архітэктарам у гарадское ўпраўленне Вроцлава.
У маі 1950 года арыштаваны, неўзабаве арыштавалі і Уладзіслава Гамулку. У зняволенні падвяргаўся катаванням, прызнаў сябе вінаватым у шматлікіх злачынствах (шпіянаж на карысць Англіі, нацыяналізм, правы ўхіл). Аднак неўзабаве пасля смерці І. В. Сталіна, арышту Л. П. Берыі і сакрэтнага асуджэння практыкі рэпрэсій у СССР, Б. Берут адмовіўся ад ідэі судовага працэсу над Гамулкам, Спыхальскім і іншымі арыштаванымі па іх справе. У той жа час ён не мог іх вызваліць са зняволення без шкоды для свайго аўтарытэту, паколькі яго асабістая роля ў іх арышце была добра вядомая. Спыхальскі працягваў заставацца ў зняволенні без суда, хоць допыты і катаванні былі спынены, а ўмовы ўтрымання палепшыліся.
Падчас Польскага палітычнага крызісу 1968 года Спыхальскі ў красавіку 1968 года быў вызвалены з пасады міністра і прызначаны Старшынёй Дзяржаўнага Савета Польшчы (вышэйшая выканаўчая пасада ў дзяржаве). У 1970 годзе Гамулка быў адхілены ад улады і ўжо ў снежні М. Спыхальскі вызвалены ад пасады старшыні Дзяржаўнага Савета, выведзены з Палітбюро ЦК ПАРП, а ў 1971 годзе і са складу ЦК.
Быўшы адпраўленым на пенсію, знаходзіўся ў кіраўніцтве некаторых грамадскіх арганізацый, запрашаўся на ўрачыстыя мерапрыемствы. Сканаў 7 чэрвеня1980 года ў Варшаве. Пахаваны з вышэйшымі дзяржаўнымі ўшанаваннямі на могілках Вайсковыя Павонзкі.
Родны брат Юзаф Спыхальскі да 1939 года служыў афіцэрам у Войску Польскім, пакінуў краіну пасля акупацыі Германіяй у 1939 годзе. У 1942 годзе закінуты ў Польшчу з Лондана і прыняў актыўны ўдзел у дзейнасці Арміі краёвай. Пры спробе арышту агентамі гестапа аказаў супраціўленне і загінуў у перастрэлцы.
.svg){kind=small}
