У XIX стагоддзі ў наваколлях Джубы размяшчаліся гандлёвы пост і місія пад назвай Гандакора.
Брытанскія намеры аб’яднаць паўднёвую частку Судана з Угандай пацярпелі крах, калі ў 1947 годзе ў Джубе было падпісана пагадненне аб аб’яднанні паўночнага і паўднёвага Судана. У 1955 годзе за мяцежом, паднятым у горадзе салдатамі з поўдня рушыла ўслед Першая Суданская грамадзянская вайна, якая скончылася толькі ў 1972 годзе.
Пасля абвяшчэння незалежнасці краіны з’явілася інфармацыя, што сталіца Паўднёвага Судана можа быць перанесена і пабудавана ў іншым месцы[1]. 4 верасня2011 года ўрад Паўднёвага Судана вырашыў перанесці сталіцу з Джубы ў горад Рамсель у 240 км на поўнач, паколькі ўлады штата Цэнтральная Экваторыя, на тэрыторыі якога знаходзіцца Джуба, адмовілі цэнтральным уладам у вылучэнні неабходнай колькасці зямлі пад пабудову новых дзяржаўных будынкаў, пераезд можа заняць каля шасці гадоў, бо ў Рамселе трэба пабудаваць шматлікія ўрадавыя аб’екты[2].
Насельніцтва
У 2007 годзе насельніцтва горада складала 172 730 чалавек.