Горад быў заснаваны ў 1687 годзе партугальскімі каланістамі, як умацаваны порт. У той час ён з'яўляўся цэнтрам гандлю рабамі. У ХІХ стагоддзі Бісау стаў цэнтрам гандлю ўсёй партугальскай Гвінеі. У 1942 годзе горад стаў сталіцай калоніі, а ў 1974 сталіцай незалежнай Гвінеі-Бісау.
У наш час тут размешчаны каля 60% прамысловых прадпрыемстваў краіны. Ёсць міжнародны аэрапорт.