وإضافة إلى دراسته في المدارس الحكومية والجامعة فقد تتلمذ على العديد من المشايخ والعلماء في المدينة ودرس عليهم ألواناً من العلوم الشرعية، ومنها التفسير وعلومه، الفقه على المذاهب الأربعة، الحديث وعلومه ومصطلحه، التفسيروأصول الفقه وغير ذلك، وكان من شيوخه:
عمل بعد تخرجه في المرحلة الجامعية الأولى معيدًا بكلية القرآن من 1397 - 1398 هـ، وكلف بأمانة امتحانات الكلية لمدة عشر سنوات، وأصبح عضو هيئة التدريس في قسم التفسير منذ حصوله على الدكتوراه، وإضافة إلى عمله الجامعي فهو عضو في اللجنة العلمية بمجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف.
الإمامة والخطابة
كما تولى الإمامة والخطابة في عدد من مساجد المدينة، ومنها:
إمام متعاون في المسجد النبوي لصلاتي التراويح والقيام منذ عام 1410 هـ حتى عام 1417 هـ، وكذلك عام 1436 هـ.
إمام في مسجد قباء لصلاتي التراويح والقيام.
إمام مسجد العنابية من عام 1394 ـ 1403 هـ.
إمام مسجد عبد الله الحسيني من 1403 هـ مدة 23 سنة.
إمام مسجد حسن الشاعر من 1427 هـ حتى وفاته.
الندوات والدورات والفعاليات
وقد شارك في عدد من الندوات والدورات والفعاليات ومنها:
ندوة الشباب في مدينة كامبيس في البرازيل مع وفد من الجامعة الإسلامية.
إمامة صلاة التراويح في مسجد برمنجهام ببريطانيا بتكليف من الجامعة الإسلامية.
عاد لإمامة المسجد النبوي الشريف مرة أخرى بتكليف من الملك سلمان في رمضان عام 1436 هـ.
الشيخ والقرآن
يعد الشيخ محمد أيوب من القراء المشهورين في السعودية والعالم الإسلامي، ولهُ تسجيلات قرآنية في الإذاعة والتلفاز، وقد سجل له مجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف تسجيل القرآن كاملاً، حيث يتم بثه من إذاعة القرآن الكريم، وسجلت لهُ أيضًا قراءات صلاة التراويح والقيام في المسجد النبوي وهي تنشر كذلك تباعًا في الإذاعة.
حفظ محمد أيوب القرآن عندما كان عمره 12 سنة، ودرس القرآن على الشيخ زكي داغستاني في المدرسة الابتدائية عندما كان في مكة المكرمة وكذلك على الشيخ خليل قارئ وكلا الشيخين تميزا بالقراءة الحجازية إلا أنه أخذ عن الأخير التلاوات تلقينًا فكان يرافق الشيخ أينما رحل فقد ذهب الشيخ خليل إلى الطائف ورحل معه الشيخ محمد أيوب إلى هناك. وكان والد الشيخ محمد أيوب قد أوصى الشيخ خليل قارئ أن يهتم به كثيراً آملا أن يكون لهُ شأن عظيم فكان كما أراد، ومن جانبه فقد اكتشف خليل قارئ بفراسته أن للشيخ محمد أيوب مستقبلًا عظيمًا في تلاوة القرآن الكريم وحفظه ويروي ابن الشيخ خليل قارئ الشيخ محمد خليل إمام مسجد قباء أن والدهً كان حريصاً على طلابه ولا يفرض عليهم الحفظ كاملا بل كل على حسب إمكانياته وقدراته بل الأهم عنده تثبيت الحفظ. ويكفي محمد أيوب فخراً أنه صلى بالناس في أول مسجد أسس على التقوى ويكفيهِ اعتزازًا أنه أَمَّ المصلين في المسجد النبوي، ولقد وزعت المآذن العشر صوته الجميل في أنحاء المدينة المنورة واشرأبت القبة الخضراء لمعانقته وهو يتردد في جنبات مدينة الرسول محمد، فكيف لا يكون ذلك فهو من الرعيل الأول من صلى التراويح وحده طوال شهر رمضان دون أن يشاركه أحد في ذلك حيث كان ذلك محراب النبي محمد، وهو ما يدل على ثبات حفظه وروعة أدائه فما زالت تذكره ليالي شهر رمضان بروحانيتها العطرة واشتهر باسم شيخ القراء.
ماذا قال حين عُيِّن إمامًا للمسجد النبوي
يروي الشيخ محمد أيوب عندما تعيينه في الحرم المدني قائلا:
حينما كنت إماما في مسجد قباء، سمع عني الشيخ عبد العزيز بن صالح بأن هناك شيخا يدعى محمد أيوب يتميز بصوت حسن وأداء مميز، فطلب من ابنه أن يحضرني لمجلسه، فحينما وصلت إليه طلب منى الشيخ ابن صالح منه أن أتلو بعض الآيات، فما أن استمع إلى قراءتي حتى أعجب بها الشيخ والحاضرون، فقال لي الشيخ ابن صالح: هل تستطيع أن تصلي بالناس في الحرم المدني صلاة التراويح ؟ وكان ذلك في أواخر أيام شهر شعبان، فوافقت على ذلك، فصدر القرار الحكومي بتعييني إماما مكلفا في الحرم المدني. حيث كان ذلك العام 1410 هــ، وصليت صلاة التراويح كاملة لوحدي في تلك السنة عدا ثلاثة أيام من رمضان. وقد كان شيخي الشيخ خليل قارئ في تلك السنة في خارج البلاد، فكان يستمع إلى قراءتي عن طريق المذياع، ويتصل بي يوميا ويدعو لي، وأضاف «تنتابني رهبةٌ شديدةٌ كلما وقفت في محراب رسول الله صلى الله عليه وسلم، وكنت أخشى ألا أقوم بها على الوجه المطلوب، وسألت الله أن يثبتني وأن أقوم بالمسؤولية الملقاة على كاهلي.»
عائلته وأبناؤه
للشيخ محمد أيوب عائلة مكونة من 13 شخصًا وهو متزوج بزوجتين ولهُ من الأولاد 5 كلهم من حفظة القرآن الكريم وبنتان أيضًا من الحافظات للقرآن الكريم وهذا مما تتميز به عائلة الشيخ عن غيرها من العائلات، فقد كرَّس جهده ووقته لتعليم أهله ولم يكتف بذلك بل كان لأولاده معلمً خاصًّا للقران في المنزل، أما أبناؤه فهم:
خالد الابن الأكبر له وهو مدرس للقران في مدارس تحفيظ القرآن في المدينة المنورة.
الزبير أستاذ في الجامعة الإسلامية في قسم اللغة العربية.
حصل الشيخ محمد أيوب على إجازة برواية حفص عن طريق القراءة على المشايخ وهم شيخ قراء المدينة حسن بن إبراهيم الشاعر، والشيخ أحمد عبد العزيز الزيات، والشيخ خليل بن عبد الرحمن القارئ، ومن شيوخه في القراءة الشيخ زكي داغستاني.
أبرز تسجيلاته
تسجيل المصحف الشريف القرآن كاملًا في مجمع الملك فهد لطباعة المصحف الشريف، فقد أصدر الملك فهد بن عبد العزيز قرارًا ملكيًا يقضي بتكليف الشيخ محمد أيوب بتسجيل مصحف كامل في مجمع الملك فهد بالمدينة المنورة حيث قام الشيخ محمد أيوب بتسجيل المصحف المدني بالقراءة الحجازية المكية تنفيذًا لرغبة الملك فهد بن عبد العزيز.
تسجيل صوتي لقراءات صلاة التراويح والقيام في المسجد النبوي الشريف.
وفاته
توفي الشيخ محمد أيوب قبل صلاة الفجر من يوم السبت 9 رجب1437 هـ الموافق 16 أبريل2016 م، عن عمر يناهز 64 عامًا، وصُلِيَ عليه في المسجد النبوي الشريف بالمدينة المنورة بعد صلاة الظهر ودفن في مقبرة البقيع.[2]