بالنظر لانشغال والدها بشؤون الحكم في ألمانيا وغياب أخيها الملك فيليب الثاني، تصرفت ماريا وزوجها ماكسيميليان بحُكْم إسبانيا بين سنتي 1548-1551. في 1552، انتقل الزوجان من مدريد التي كانا فيها السابق للعيش في بلاط والد ماكسيميليان في فيينا.
بعد عودة ماريا مع زوجها إلى ألمانيا، ورث زوجها العرش عن والده (فرديناند الأول) ليكون حاكماً على ألمانيا بوهيميا والمجر، وهي سلطة تبوأها من سنة 1564 إلى وفاته في 1576. كانت ماريا كاثوليكية متدينة، وكثيراً ما اختلفت مع زوجها لقلّة التزامها. كان لديها تأثير كبير على أبنائها، وبالأخصّ رودولفوماتياس اللذين حكما الإمبراطورية في ما بعد.