ولدت ماريا يوهانا في 4 فبراير 1750 في قصر هوفبورغ، وهي الطفلة الحادية عشرة والابنة الثامنة للإمبراطور فرانسيس الأول والإمبراطورة ماريا تيريزا. تربيت في روضة الأطفال مع العديد من أشقائها، على الرغم من أنها كانت قريبة بشكل خاص من أختها ماريا يوزفا، [2] التي ولدت بعد عام من ماريا يوهانا في 175. تعلموا الاثنان معاً ولديهما نفس المعلمين.[3][4]
اتفقت والدتها، ماريا تيريزا مع والملك كارلوس الثالث على أن تتزوج ماريا أماليا، شقيقة ماريا يوهانا من ابن كارلوس الثالث، فرديناندو الثالث ملك الصقليتين، لاحقاً فرديناندو فصخ خطوبته مع ماريا أماليا لأنها كانت أكبر منه بخمس سنوات. نظراً لأن ماريا يوهانا أكبر منه بسنة واحدة فقط، فخطبها بدلاً من شقيقتها.
في ديسمبر 1762، أصيبت ماري يوهانا بالجدري وتوفيت في 23 ديسمبر وتم دفنها في السرداب الإمبراطوري. وصفت زوجة شقيقها إيزابيلا أن وفاتها كان محزن جداً.[6]