ولدت جوانا في براغ كأصغر أطفال بين 15 طفلاً، لم تعرف أبداً أمها وأختها الكبرى حيث توفيت والدتها بعد يومين من ولادة جوانا، أما أختها الكبرى إليزابيثملكة بولندا توفيت قبل عامين من ميلادها.
لم تستطع يوهانا التكيف مع مناخ البلاط في فلورنسا، بحيث كانت كثيرة الحنان إلى الوطن، وأيضا قام زوجها بتجاهلها، وكما كان الفلورنسيين كان يحتقرونها بسبب انتمائها النمساوي، على الرغم من ذلك كان حماها كوزيمو الأول لطيفاً معها، ومع ذلك بين عامي 1566 و1575 كان موقفها صعباً بسبب إنجاب ستة بنات، وبسبب عدم وجود وريث ذكر كان هُناك مشاكل مستمر مع زوجها الذي أصبح يفضل عشيقته بيانكا كابيلو التي استطعت إنجاب له ابن أنطونيو في 1576.
وأخيراً في 1577 انجبت يوهانا الوريث المنتظر، عمد باسم فيليبو على شرف فيليب الثاني ملك إسبانيا (ابن عمها)، تم الاحتفال بولادتها بفرح كبير في البلاط، بحيث الآن تم تأمين خلافة الدوقية الكبرى وأيضا القضاء على آمال بيانكا كابيلو حول تنصيب ابنها ليكون الوريث، ومع ذلك سيتوفى فيليبو قريباً وهو صغيراً، لاحقاً سيخلفه شقيقه الأصغر فرديناندو بعد وفاته.
الوفاة
في 10 أبريل 1578 سقطت يوهانا وهي حامل بطفلها الثامن من الدرج في قصر الدوق الأكبر في فلورنسا بعد بضعة ساعات أنجبت ابنها الذي توفي على الفور، في حين توفيت هي في اليوم التالي في 11 أبريل، في وقت لاحق سيتزوج فرانشيسكو من عشيقته بيانكا كابيلو مما جعلها الدوقة القرينة.
^"Habsburg, Johanna von Oesterreich (Tochter des Kaisers Ferdinand I.)". Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich (بالألمانية). 6: 290. 1856. QID:Q88767561.