Setelah bekerja di YAKOMA Mass Communication Firm sebagai investigator pada tahun 1992, Putra Nababan mengawali karier jurnalistiknya pada tahun 1994-1995 dengan menjadi wartawan majalah Forum Keadilan. Selanjutnya ia menjadi managing editor di surat kabar Rakyat Merdeka pada tahun 1995 hingga 2001.
Pada tahun 2001 hingga 2004, Putra berpindah ke MetroTV sebagai presenter sekaligus chief reporter. Di MetroTV, ia membawakan program Metro Pagi. Sejak tahun 2004 sampai 2012, ia berkarier di RCTI sebagai penanggung jawab produksi, barulah kemudian menjadi wakil pemimpin redaksi serta membawakan acara beritaNuansa Pagi[1] dan Buletin Siang[2] pada tahun 2005 serta Seputar Indonesia dari 2006 sampai tahun 2012. Ia kembali ke Metro TV dengan jabatan baru sebagai pemimpin redaksi hingga tahun 2017.
Putra Nababan hanya dinominasikan dalam Panasonic Gobel Awards untuk kategori Presenter Berita dan Informasi selama 3 tahun berturut-turut pada 2007, 2013 dan 2014. Namun sejak 2015, Putra Nababan hanya menjadi Tamu saat Najwa Shihab kembali menjadi Nominasi Talkshow Dan Berita Indonesia.
