Muhammad bin Ja'far lahir di Habasyah pada masa Nabi Islam Muhammad masih hidup.[4] Kedua orang tuanya beserta kaum muslimin lainnya hijrah ke Habasyah untuk menghindari penyiksaan kaum Quraisy.[5]:196[6] Saudara kandungnya, Abdullah dan Aun, juga lahir di sana.[5]:196 Sejarawan Muhammad bin Habib dalam karyanya yang berjudul Kitāb al-Muḥabbar menyebutkan bahwa Muhammad bin Ja'far adalah orang pertama dari kalangan kaum Muhajirin yang bernama Muhammad.[4] Sementara dari kalangan kaum Anshar yang pertama bernama Muhammad adalah Muhammad bin al-Jadd bin Qais al-Anshari.[7]
Setelah Ali menjadi khalifah, Muhammad termasuk di antara pendukung pamannya dalam Pertempuran Shiffin melawan Muawiyah bin Abu Sufyan.[1][8] Saudaranya, Abdullah bin Ja'far, juga mendukung Ali dan menjadi salah satu komandannya.[9] Dalam pertempuran ini, Muhammad terbunuh bersama putra Umar yang berada di pihak Muawiyah, Ubaidullah bin Umar, setelah mereka saling bertarung.[4]
^(Arab)Dr. Abdel Salam al-Termanini, "Peristiwa sejarah Islam dalam urutan tahun (أحداث التاريخ الإسلامي بترتيب السنين): Bagian Pertama dari tahun 1 H sampai tahun 250 H", jilid pertama (dari tahun 1 H sampai tahun 131 H), Dar Thalas, Damaskus.
