MRT memiliki jalur sepanjang 16,9 kilometer dengan 1 jalur dan 13 stasiun yang beroperasi. Jalur pertama dan satu-satunya yang saat ini beroperasi, yaitu MRT Jalur 3, dibuka pada Desember 1999 dan selesai seluruhnya pada Juli 2000. Jalur ini sebelumnya dioperasikan di bawah skema bangun-guna-serah (BOT) selama 25 tahun antara Departemen Perhubungan (DOTr) (DOTr) dan Metro Rail Transit Corporation (MRTC), yang berakhir pada Juli 2025, setelah itu kepemilikannya sepenuhnya berada di tangan DOTr.
Sejak itu, sebagian besar jalur kereta cepat baru yang diusulkan di Metro Manila, dan tidak berada di bawah otoritas Light Rail Transit Authority (LRTA), diasosiasikan dengan merek “MRT”. Beberapa proyek besar di antaranya adalah Metro Manila Subway (Jalur 9) dan Jalur 7 yang dibangun dalam bentuk jalur layang, yang keduanya masih dalam tahap pembangunan per Januari 2023.
Jaringan
Saat ini hanya ada satu jalur metroringan/kereta ringan yang beroperasi, tetapi terdapat tiga jalur rel berat yang sedang dalam tahap pembangunan. Dalam beberapa tahun terakhir, telah muncul sejumlah usulan untuk memperluas sistem ini. Hingga tahun 2019, sistem ini direncanakan memiliki tujuh jalur dengan setidaknya 49 stasiun yang membentang sepanjang 124,4 km jalur rel. Hingga tahun itu, hampir semua jalur yang diusulkan diberi nomor ganjil.
Tidak termasuk dalam rencana tersebut adalah Jalur MRT 7 dengan jaringan sirkumferensial–radial yang diusulkan, serta Jalur 8, 10,[2][3][4] dan 11, yang hingga tahun 2025 masih menunggu persetujuan.
Jam operasional sistem ini berlangsung dari pukul 04:40 pagi hingga 22:10 malam PHT (UTC+8) setiap harinya.[5] Saat Pekan Suci, yang merupakan hari libur nasional di Filipina, layanan kereta ditutup untuk pemeliharaan tahunan, karena jumlah penumpang dan lalu lintas di sekitar Metro Manila menurun. Operasional normal kembali dilanjutkan setelah Minggu Paskah.[6] Pada masa liburan Natal dan akhir tahun, jam operasional jalur juga diperpendek karena rendahnya jumlah penumpang selama periode tersebut.[7]