Babak gugur Liga Eropa UEFA 2012–13 dimulai pada 14 Februari 2013 pada babak 32 besar dan berakhir dengan pertandingan final pada tanggal 15 Mei 2013 di Amsterdam Arena, Amsterdam, Belanda.

Semua waktu pertandingan hingga 30 Maret 2013 (babak 16 besar) dalam CET (UTC+01:00), setelah itu (babak perempat final dan seterusnya) waktu pertandingan dalam CEST (UTC+02:00).

Seluruh proses pengundian dilaksanakan di markas UEFA di Nyon, Swiss.^[1]

Babak	Jadwal pengundian	Pertandingan pertama	Pertandingan kedua
Babak 32 besar	14.00, 20 Desember 2012	14 Februari 2013	21 Februari 2013
Babak 16 besar		7 Maret 2013	14 Maret 2013
Perempatfinal	13.00, 15 Maret 2013	4 April 2013	11 April 2013
Semifinal	12 April 2013, TBC	25 April 2013	2 Mei 2013
Final		15 Mei 2013 di Amsterdam Arena, Amsterdam

Beberapa pertandingan mungkin saja dimainkan pada hari Selasa atau Rabu alih-alih hari Kamis seperti biasanya untuk menghindari jadwal yang bertabrakan.

Babak gugur ini menampilkan 32 tim: 24 tim yang menduduki dua peringkat teratas dalam masing-masing grup di babak grup dan delapan tim yang menduduki peringkat ketiga dalam babak grup Liga Champions UEFA.^[2]

Pada setiap babak, masing-masing kedua tim yang bertemu akan memainkan dua pertandingan, sepasang pertandingan kandang-tandang, kecuali partai final. Hasil dari kedua pertandingan akan dijumlahkan dan tim yang memiliki skor agregat terbesar lolos ke babak berikut. Jika terjadi hasil imbang, maka tim yang lolos ditentukan dengan peraturan gol tandang, yaitu tim yang mampu mencetak gol lebih banyak saat bermain di kandang lawan lolos ke babak berikut. Jika jumlah gol tandang imbang, pertandingan kedua dilanjutkan dengan perpanjangan waktu, dalam dua babak masing-masing 15 menit. Peraturan gol tandang kembali diberlakukan pada masa perpanjangan waktu, maka jika kedua tim mencetak gol sehingga hasilnya masih imbang, tim tandanglah yang lolos ke babak berikut. Jika tidak terjadi gol maka pemenang ditentukan dengan adu penalti. Pada partai final, kedua tim yang bertemu akan memainkan satu pertandingan. Jika terjadi hasil imbang setelah waktu normal, pertandingan dilanjutkan dengan perpanjangan waktu dan jika kemudian masih terjadi hasil imbang, pemenang ditentukan dengan adu penalti.^[2]

Pada pengundian babak 32 besar, dua belas tim juara grup dan empat tim terbaik peringkat tiga dari Liga Champions (berdasarkan hasil pertandingan di babak grup Liga Champions) menjadi unggulan, sedangkan dua belas tim peringkat kedua dan empat tim peringkat tiga dari Liga Champions tersisa menjadi non-unggulan. Tim-tim unggulan diundi untuk menghadapi tim-tim non-unggulan, dengan setiap tim unggulan menjadi tuan rumah pada pertandingan kedua. Setiap tim dari grup yang sama maupun dari asosiasi yang sama tidak bisa dipertemukan satu sama lain. Untuk pengundian babak 16 besar dan seterusnya pembatasan tersebut tidak dilakukan.

Grup	Juara grup (Unggulan pada babak 32 besar)	Juara kedua grup (Non-unggulan pada babak 32 besar)
A	Liverpool	Anzhi Makhachkala
B	Viktoria Plzeň	Atlético Madrid
C	Fenerbahçe	Borussia Mönchengladbach
D	Bordeaux	Newcastle United
E	Steaua București	Stuttgart
F	Dnipro Dnipropetrovsk	Napoli
G	Genk	Basel
H	Rubin Kazan	Internazionale
I	Lyon	Sparta Prague
J	Lazio	Tottenham Hotspur
K	Metalist Kharkiv	Bayer Leverkusen
L	Hannover 96	Levante

Pos	Grup	Tim	Main	M	S	K	MG	KG	SG	Poin	Kualifikasi
1	E	Chelsea	6	3	1	2	16	10	+6	10	Unggulan pada babak 32 besar
2	H	CFR Cluj	6	3	1	2	9	7	+2	10
3	B	Olympiacos	6	3	0	3	9	9	0	9
4	G	Benfica	6	2	2	2	5	5	0	8
5	C	Zenit Saint Petersburg	6	2	1	3	6	9	−3	7	Non-unggulan pada babak 32 besar
6	F	BATE Borisov	6	2	0	4	9	15	−6	6
7	A	Dynamo Kyiv	6	1	2	3	6	10	−4	5
8	D	Ajax	6	1	1	4	8	16	−8	4

Babak 32 besar						Babak 16 besar						Perempat final						Semifinal						Final
Napoli	0	0	0
Viktoria Plzeň	3	2	5			Viktoria Plzeň	0	1	1
BATE Borisov	0	0	0			Fenerbahçe	1	1	2
Fenerbahçe	0	1	1									Fenerbahçe	2	1	3
Stuttgart	1	2	3									Lazio	0	1	1
Genk	1	0	1			Stuttgart	0	1	1
B. Mönchengladbach	3	0	3			Lazio	2	3	5
Lazio	3	2	5															Fenerbahçe	1	1	2
Bayer Leverkusen	0	1	1															Benfica	0	3	3
Benfica	1	2	3			Benfica	1	3	4
Dynamo Kyiv	1	0	1			Bordeaux	0	2	2
Bordeaux	1	1	2									Benfica	3	1	4
Anzhi Makhachkala	3	1	4									Newcastle United	1	1	2
Hannover 96	1	1	2			Anzhi Makhachkala	0	0	0
Newcastle United	0	1	1			Newcastle United	0	1	1
Metalist Kharkiv	0	0	0																					Benfica	1
Tottenham Hotspur	2	1	3																					Chelsea	2
Lyon	1	1	2			Tottenham (p.w.) (p.g.t.)	3	1	4
Internazionale	2	3	5			Internazionale	0	4	4
CFR Cluj	0	0	0									Tottenham Hotspur	2	2	4(1)
Basel	2	1	3									Basel (a.p.)	2	2	4(4)
Dnipro Dnipropetrovsk	0	1	1			Basel	2	0	2
Zenit St. P'burg (p.g.t.)	2	1	3			Zenit St. Petersburg	0	1	1
Liverpool	0	3	3															Basel	1	1	2
Ajax	2	0	2(2)															Chelsea	2	3	5
Steaua București (a.p.)	0	2	2(4)			Steaua București	1	1	2
Sparta Prague	0	1	1			Chelsea	0	3	3
Chelsea	1	1	2									Chelsea	3	2	5
Levante	3	1	4									Rubin Kazan	1	3	4
Olympiacos	0	0	0			Levante	0	0	0
Atlético Madrid	0	1	1			Rubin Kazan (p.w.)	0	2	2
Rubin Kazan	2	0	2

Pertandingan pertama akan dilaksanakan pada 14 Februari, sedangkan pertandingan kedua akan dilaksanakan pada 21 Februari 2013.

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
BATE Borisov	0–1	Fenerbahçe	0–0	0–1
Internazionale	5–0	CFR Cluj	2–0	3–0
Levante	4–0	Olympiacos	3–0	1–0
Zenit St. Petersburg	3–3 (p.g.t.)	Liverpool	2–0	1–3
Dynamo Kyiv	1–2	Bordeaux	1–1	0–1
Bayer Leverkusen	1–3	Benfica	0–1	1–2
Newcastle United	1–0	Metalist Kharkiv	0–0	1–0
Stuttgart	3–1	Genk	1–1	2–0
Atlético Madrid	1–2	Rubin Kazan	0–2	1–0
Ajax	2–2 (2–4) (a.p.)	Steaua București	2–0	0–2 (p.w.)
Basel	3–1	Dnipro Dnipropetrovsk	2–0	1–1
Anzhi Makhachkala	4–2	Hannover 96	3–1	1–1
Sparta Prague	1–2	Chelsea	0–1	1–1
Borussia Mönchengladbach	3–5	Lazio	3–3	0–2
Tottenham Hotspur	3–2	Lyon	2–1	1–1
Napoli	0–5	Viktoria Plzeň	0–3	0–2

---

---

---

---

---

---

---

---

---

---

---

---

---

---

---

Catatan

• Cat. 1: Anzhi Makhachkala akan memainkan pertandingan kandangnya di Lokomotiv Stadium, Moskwa alih-alih di stadion kandang mereka Dynamo Stadium, Makhachkala, karena masalah keamanan di kota Makhachkala wilayah otonom Republik Dagestan.^[20]
• Cat. 2: BATE Borisov akan memainkan pertandingan kandangnya di Dynama Stadium, Minsk alih-alih di stadion kandang mereka Haradski Stadium, Barysaw.

Rubin Kazan menang 2–1 secara agregat.

---

Internazionale menang 5–0 secara agregat.

---

Newcastle United menang 1–0 secara agregat.

---

Stuttgart menang 3–1 secara agregat.

---

Basel menang 3–1 secara agregat.

---

Lazio menang 5–3 secara agregat.

---

Tottenham Hotspur menang 3–2 secara agregat.

---

Fenerbahçe menang 1–0 secara agregat.

---

Levante menang 4–0 secara agregat.

---

3–3 secara agregat, Zenit St. Petersburg menang melalui gol tandang

---

Bordeaux menang 2–1 secara agregat.

---

Benfica menang 3–1 secara agregat.

---

2–2 secara agregat, Steaua București menang 4–2 melalui adu penalti

---

Anzhi Makhachkala menang 4–2 secara agregat.

---

Chelsea menang 2–1 secara agregat.

---

Viktoria Plzeň menang 5–0 secara agregat.

Catatan

• Cat. 3: Rubin Kazan memainkan ertandingan kandangnya di Luzhniki Stadium, Moscow tidak di Tsentralnyi Stadion, Kazan.
• Cat. 4: Steaua București memainkan ertandingan kandangnya di Arena Națională, Bucharest tidak di Stadionul Steaua, Bucharest.

Pertandingan pertama akan dilaksanakan pada 7 Maret sementara pertandingan kedua akan dilaksanakan pada 14 Maret 2013.

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Viktoria Plzeň	1–2	Fenerbahçe	0–1	1–1
Benfica	4–2	Bordeaux	1–0	3–2
Anzhi Makhachkala	0–1	Newcastle United	0–0	0–1
Stuttgart	1–5	Lazio	0–2	1–3
Tottenham Hotspur	4–4 (p.g.t.)	Internazionale	3–0	1–4 (p.w.)
Levante	0–2	Rubin Kazan	0–0	0–2 (p.w.)
Basel	2–1	Zenit St. Petersburg	2–0	0–1
Steaua București	2–3	Chelsea	1–0	1–3

---

---

---

---

---

---

---

Catatan

• Cat. 5: Anzhi Makhachkala memainkan pertandingan kandangnya di Luzhniki Stadium, Moscow tidak di Dynamo Stadium, Makhachkala, karena masalah keamanan di kota Makhachkala dan wilayah otonomi Republik Dagestan.^[20]

Rubin Kazan menang 2–0 secara agregat.

---

Basel menang 2–1 secara agregat.

---

4–4 secara agregat. Tottenham Hotspur menang melalui gol tandang

---

Fenerbahçe menang 2–1 secara agregat.

---

Benfica menang 4–2 secara agregat.

---

Newcaslte United menang 1–0 secara agregat.

---

Lazio menang 5–1 secara agregat.

---

Chelsea menang 3–2 secara agregat.

Catatan

• Cat. 6: Rubin Kazan memainkan pertandingan kandangnya di Luzhniki Stadium, Moscow tidak di stadion kandangnya, Tsentralnyi Stadion, Kazan.
• Cat. 7: Pertandingan antara Fenerbahçe v Viktoria Plzeň dimainkan tanpa penonton sebagai hukuman dari UEFA menyusul kejadian pada Babak 32 besar saat melawan BATE Borisov tanggal 21 Februari 2013.^[35]
• Cat. 8: Pertandingan Lazio v Stuttgart dimainkan tanpa penonton sebagai hukuman dari UEFA menyusul insiden pada Babak 32 besar saat melawan Borussia Mönchengladbach tanggal 21 Februari 2013.^[36]

Pengundian untuk babak perempat final, semifinal, dan final (untuk menentukan tim "tuan rumah") akan dilaksanakan pada 15 Maret 2013. Pertandingan pertama akan dilaksanakan pada 4 April sementara pertandingan kedua akan dilaksanakan pada 11 April 2013.

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Chelsea	5–4	Rubin Kazan	3–1	2–3
Tottenham Hotspur	4–4 (1–4) (a.p.)	Basel	2–2	2–2 (p.w.)
Fenerbahçe	3–1	Lazio	2–0	1–1
Benfica	4–2	Newcastle United	3–1	1–1

---

---

---

Chelsea menang 5–4 secara agregat.

---

4–4 secara agregat. Basel menang 4–1 melalui adu penalti.

---

Fenerbahçe menang 3–1 secara agregat.

---

Benfica menang 4–2 secara agregat.

• Cat. 9: Rubin Kazan memainkan pertandingan kandangnya di Luzhniki Stadium, Moscow tidak di stadion kandangnya, Tsentralnyi Stadion, Kazan.
• Cat. 10: Pertandingan Lazio v Fenerbahçe dimainkan tanpa penonton sebagai hukuman dari UEFA menyusul insiden pada Babak 32 besar saat melawan Borussia Mönchengladbach tanggal 21 Februari 2013.^[36]

Pertandingan pertama akan dilaksanakan pada 25 April sementara pertandingan kedua akan dilaksanakan pada 2 Mei 2013.

Tim 1	Agregat	Tim 2	Leg 1	Leg 2
Fenerbahçe	2–3	Benfica	1–0	1–3
Basel	2–5	Chelsea	1–2	1–2

---

Benfica menang 3–2 secara agregat.

---

Chelsea menang 5–2 secara agregat.

Pertandingan final diselenggarakan pada 15 Mei 2013 di Amsterdam Arena, Amsterdam, Belanda.

• UEFA Europa League (official website)