菲律賓約有600種鳥類曾被記錄,特有鳥種豐富,其中約有1/3的種類(約180種)為特有種。
菲律賓的生物相在相當程度上偏向西馬來群島,因此在生物地理分區上被劃入東洋區;但菲律賓除了巴拉望島及其周邊島嶼以外,其他地區都未曾和亞洲大陸相連,因此也有人認為菲律賓屬於東洋區和澳大拉西亞區之間過渡的華萊士區。
菲律賓有一個特有鳥科 - 紋旋木雀科 Rhabdornithidae,其中包含3個鳥種。