科爾伯特發現,雖然島翼龍與喙嘴翼龍的體型與身体結構相似,但島翼龍擁有較粗壯的四肢與較長的腿。科爾伯特將島翼龍分類於喙嘴翼龍科[1]。James A. Jensen、約翰·奧斯特倫姆(John Ostrom)在1977年所敘述、命名的Nesodon,與島翼龍是同一種動物[2]。雖然島翼龍與在同地層發現的卡奇布翼龍(Cacibupteryx)的化石材料有稍微重複,但這兩者的肘部關節與方骨有顯著的不同[3]。有一個2006年的研究將島翼龍歸類於喙嘴翼龍科[4]
^Gasparini, Zulma; Fernández, Marta; and de la Fuente, Marcelo. A new pterosaur from the Jurassic of Cuba. Palaeontology. 2004, 47 (4): 919–927. doi:10.1111/j.0031-0239.2004.00399.引文使用过时参数coauthors (帮助); 使用|accessdate=需要含有|url= (帮助)