土庫河豚由保羅·傑維斯(Paul Gervais)等人於1853年命名,其近親圭亞那海豚由伯内登(Pierre-Joseph van Bénéden)於1864年命名,二者後被視作同一種海豚分別生活在淡水與海洋中的變種[6]。根據《国际动物命名法规》,在同物異名的情況下,僅保留最早的名稱,因此圭亞那海豚被歸入土庫河豚。後來基於三維形態的研究首次提出兩種海豚的不同[7],分子分析也明確指出它們在遺傳上的分化[8][3],結合形態學與遺傳學兩方面的證據,學界於2007年將圭亞那海豚劃為獨立物種。
^ 3.03.1Caballero, S., F. Trujillo, J. A. Vianna, H. Barrios-Garrido, M. G. Montiel, S. Beltrán-Pedreros, M. Marmontel, M. C. Santos, M. R. Rossi-Santos, F. R. Santos, and C. S. Baker. Taxonomic status of the genus Sotalia: species level ranking for "tucuxi" (Sotalia fluviatilis) and "costero" (Sotalia guianensis) dolphins. Marine Mammal Science. 2007, 23: 358–386. doi:10.1111/j.1748-7692.2007.00110.x.
^Monteiro-Filho, E. L. D. A., L. Rabello-Monteiro, and S. F. D. Reis. Skull shape and size divergence in dolphins of the genus Sotalia: A morphometric tridimensional analysis. Journal of Mammalogy. 2008, 83: 125–134. doi:10.1644/1545-1542(2002)083<0125:SSASDI>2.0.CO;2.
^Cunha, H. A., V. M. F. da Silva, J. Lailson-Brito Jr., M. C. O. Santos, P. A. C. Flores, A. R. Martin, A. F. Azevedo, A. B. L. Fragoso, R. C. Zanelatto, and A. M. Solé-Cava. Riverine and marine ecotypes of Sotalia dolphins are different species. Marine Biology. 2005, 148: 449–57. doi:10.1007/s00227-005-0078-2.