Địa hình có thể trồng trọt được đã khiến Đông Phi trở thành một mục tiêu quan trọng cho những nhà thám hiểm châu Âu cũng như quá trình thực dân hóa trong thế kỷ 19. Ngày nay, du lịch là một phần quan trọng của nền kinh tế các nước Kenya, Tanzania và Uganda.
Đế quốc Bồ Đào Nha là 1 trong những quốc gia châu Âu đầu tiên thiết lập sự có mặt vững chắc ở miền nam Mozambique và dần dần tiến lên miền bắc Mozambique, đến Mombasa ở khu vực ngày nay là Kenya. Tại hồ Malawi, họ đụng độ những thuộc địa mới do người Anh thiết lập, xứ bảo hộ Nyasaland (ngày nay là Malawi).
Đế quốc Anh đã chiếm giữ những vùng đất giàu tiềm năng và tài nguyên nhất của vùng này mà nay là Uganda và Kenya. Xứ bảo hộ Uganda và thuộc địa Kenya nằm ở vùng đất trồng trọt màu mỡ có thể trồng cấy nhiều loại cây trồng có giá trị như cà phê và trà, cũng như chăn nuôi các loại gia súc và những sản phẩm từ gia súc. Hơn nữa, vùng này có tiềm năng trở thành 1 khu dân cư thích hợp cho người Anh đến sống. Điều kiện thời tiết và khí hậu trong vùng đã cho phép hình thành những khu dân cư theo phong cách châu Âu như Nairobi và Entebbe.
Đế quốc Pháp chiếm giữ hòn đảo lớn nhất ở Ấn Độ Dương (và lớn thứ 4 trên thế giới) Madagascar cùng một số đảo nhỏ xung quanh đó, như Réunion và Comoros. Madagascar trước đó là 1 thuộc địa của Anh và đã được đổi cho Pháp để lấy vùng Zanzibar, 1 vùng sản xuất gia vị quan trọng gần Tanganyika. Thực dân Anh cũng chiếm giữ một số thuộc địa đảo trong vùng như Seychelles, một hòn đảo đất đai phì nhiêu và Mauritius, một hòn đảo trước đó thuộc quyền cai trị của thực dân Pháp.
Đế quốc Đức kiếm soát một vùng đất rộng lớn có tên Đông Phi thuộc Đức, bao gồm vùng đất ngày nay là Rwanda, Burundi và phần đất liền của Tanzania. Năm 1922, Đế quốc Anh được nhận quyền ủy trị Tanganyika và đã chiếm đóng vùng này cho tới khi độc lập được trao trả lại cho Tanganyika vào năm 1961. Sau cuộc Cách mạng Zanzibar năm 1965, nhà nước độc lập Tanganyika đổi tên thành Cộng hòa liên bang Tanzania bằng cách thành lập 1 liên bang với đất liền và với đảo Zanzibar. Zanzibar ngày nay là 1 bang tự trị trong một liên bang với đất liền thường được biết đến dưới cái tên chung là Tanzania. Đông Phi thuộc Đức, dù rất rộng lớn, không có tầm quan trọng về chiến lược bằng các thuộc địa của Anh ở vùng này do những vùng thuộc địa của Đức rất khó thành lập các khu dân cử bởi điều kiện thời tiết và địa hình khắc nghiệt.
Năm 1884, một phần đất hẹp ở ven biển phía bắc Somalia bị người Anh chiếm đóng (Somalia thuộc Anh). Vùng phía bắc này nằm đối diện với thuộc địa của Anh ở Vịnh Aden trên bán đảo Ả Rập. 2 thuộc địa này của Anh đã trở thành gọng kềm để Đế quốc Anh khống chế đường biển dẫn vào Ấn Độ, khi đó cũng là 1 thuộc địa của Anh.
Năm 1890, bắt đầu bằng việc mua lại 1 thị trấn cảng nhỏ, Assab, từ 1 sultan ở Eritrea, thực dân Ý dần dần thôn tính cả Eritrea.
Cho tới ngày nay, nhiều chính quyền ở các nước Đông Phi bị lên án vì nạn tham nhũng và không kiểm soát được tình hình chính trị. Nhiều nước vẫn chưa thoát ra khỏi các cuộc đảo chính chính trị, xung đột sắc tộc và các chính thể độc tài. Kể từ khi giành được độc lập, vùng này đã trải qua rất nhiều cuộc xung đột vũ trang, bao gồm:
