Phù Đổng FC được thành lập ngày 4 tháng 10 năm 2015 với 4 thành viên sáng lập, với tôn chỉ hoạt động là "xây dựng một đội bóng minh bạch, trong sạch và chuyên nghiệp". Đội bóng hoạt động theo mô hình câu lạc bộ bóng đá cộng đồng của Nhật Bản, tức là đội bóng không thuộc về ông bầu nào, mỗi hội viên, người hâm mộ chính là thành viên của đội bóng.[2]
Trước mùa giải 2017, Phù Đổng FC đã chiêu mộ được cựu trung vệ đội tuyển quốc gia Vũ Như Thành về làm đội trưởng, và thuyết phục được tiền vệ Cao Sỹ Cường tiếp tục thi đấu.[3] Đồng thời, đội bóng cũng công bố thông tin về nhà tài trợ chính mới, công ty Mitsubishi Motors Việt Nam, với mức tài trợ lớn.[4] Không đơn thuần là quảng bá thương hiệu, Mitsubishi Motors Việt Nam mong muốn góp phần hỗ trợ ươm mầm cho tài năng thể thao của Việt Nam cũng như thắt chặt mối quan hệ hợp tác Việt Nam–Nhật Bản.
Sau khi vượt qua Bà Rịa - Vũng Tàu trong trận chung kết Giải bóng đá hạng Nhì Quốc gia 2018 trên sân vận động Phú Yên, Phù Đổng FC đã chính thức giành tấm vé thăng hạng Nhất mùa giải 2019. Tại đây, Phù Đổng FC đặt mục tiêu trụ hạng và có cơ hội thì phấn đấu thăng hạng.[5] Trong năm thứ ba liên tiếp Mitsubishi Motors là nhà bảo trợ chính của câu lạc bộ,[6] số lượng hội viên lên đến 5.000 người. Tuy nhiên, đội bóng thi đấu không tốt. Sau 7 vòng đấu đầu tiên, đội bóng không thắng được trận nào, với 1 trận hòa và 6 trận thua liên tiếp. Huấn luyện viên Lê Đức Tuấn đã từ chức, và ông Nguyễn Trung Kiên được bổ nhiệm thay thế.[7] Kết thúc mùa giải, đội xếp cuối bảng và phải xuống hạng Nhì.[8]
Đội bóng đặt mục tiêu trở lại Giải hạng Nhất vào mùa giải 2021, và tiếp tục nhận được bảo trợ của Mitsubishi Motors Việt Nam trong năm thứ tư liên tiếp.[9] Vào ngày 13 tháng 11 năm 2020, câu lạc bộ đánh bại Gia Định với tỷ số 3–2 để chính thức đồng vô địch hạng Nhì 2020, đồng thời giành vé lên chơi LS V.League 2 2021.[10]
Với mong muốn gắn bó lâu dài với mảnh đất Cố Đô, CLB Phù Đổng đã gửi công văn tới UBND tỉnh Ninh Bình để có thể tiếp tục phát triển bóng đá tại nơi đây, góp một phần công sức cho nền bóng đá Ninh Bình nói riêng và bóng đá Việt Nam nói chung. Trong thời gian tới, CLB Phù Đổng Ninh Bình sẽ tiến hành hoàn tất các thủ tục để đăng ký đổi tên với Liên đoàn Bóng đá Việt Nam (VFF) và Công ty Cổ phần Bóng đá Chuyên nghiệp Việt Nam (VPF).[11]
Trước năm 2014, Ninh Bình cũng có 1 đội bóng chơi ở V.League với tên gọi Câu lạc bộ bóng đá Xi măng The Vissai Ninh Bình do bầu Trường đầu tư. Dù vậy, đội bóng này sau đó đã ngưng hoạt động. Sau gần 10 năm kể từ The Vissai Ninh Bình giải thể, địa phương này mới có lại một đội bóng. Chuẩn bị cho mùa giải tới, Phù Đổng Ninh Bình đăng ký 28 cầu thủ. Mục tiêu của đội bóng này ở giải hạng Nhất 2023/24 là nằm trong Top 3 chung cuộc.[12]
Sân vận động
Khán đài B sân vận động Tràng An
Sân vận động Ninh Bình nằm trên địa bàn phường Tân Thành của thành phố Ninh Bình, tỉnh Ninh Bình. Sân nằm cách Hà Nội 92 km, và kề ngay sát Quốc lộ 1. Năm 2003, do sân là một trong những sân vận động tại Việt Nam được chọn là sân dự bị cho SEA Games 22 nên sân đã được tu sửa, hệ thống đèn chiếu sáng được nâng cấp. Toàn bộ sân có trên 25.000 chỗ ngồi, khán đài A của sân có 2 tầng với kết cấu mái che bằng thép.
Biểu trưng
Biểu trưng của câu lạc bộ Phù Đổng khắc họa hình ảnh Phù Đổng Thiên Vương (chữ Hán: 扶董天王) cầm cây tre cưỡi ngựa sắt phun lửa cùng với trái bóng tròn; bên dưới là dòng chữ tiếng AnhSports is Life (thể thao là cuộc sống).
2015–2023
2023 đến nay
Đội hình hiện tại
Phù Đổng Ninh Bình và Trẻ TP HCM đã đổi ban huấn luyện và cầu thủ cho nhau.
