Як-25 — перший серійний варіант з двигунами АМ-5 і РЛС РП-1Д «Ізумруд». Випущено всього 77 винищувачів на заводі №292 (м. Саратов)[1].
Як-25М — основна серія з січня 1955 року, 406 винищувачів з РЛС РП-6 «Сокіл». Об'єм палива в 4 фюзеляжних баках 3445, а в підвісному баку (ППБ) — 670 літрів.
Як-25К — винищувачі з ракетним озброєнням, переобладнані Як-25М з РЛС РП-1У «Ізумруд-2» і керованими ракетами РС-1У класу «повітря-повітря». При злітній масі 8830 кг (4 ракети — 324 кг, паливо — 2650 кг) швидкість на висоті 5000 м становила 1000 км/год, на 10000 м — 950 км/год. Практична стеля знизилася до 13600 м[2].
Як-25МШ — літаки-мішені, з 1957 р. переобладнані зі знятих з озброєння ВПС Як-25 попередніх модифікацій.
Як-25Р — серія з 10 розвідувальних літаків з двома фотокамерами АФА-33М і АФА-39М. Запас палива в фюзеляжних баках становив 3925 л та передбачалася установка ППБ на 675 літрів[3].
Як-25РВ — дальній висотний розвідник на базі Як-25 з двигунами Р-11-300. Протягом 1961—1966 рр. було випущено 155 машин цього типу[4].
Як-25Л — летюча лабораторія для випробування катапультних крісел і висотного спорядження екіпажу. Було переобладнано два літаки.