Паціус закінчив школу Іоханнеум в Гамбурзі в 1828 році, де навчався у Людвіга Шпора і Моріца Гауптмана, і став концертмейстером у Стокгольмської Королівської капелі. У 1834 році Паціус був призначений музичним керівником Університету Гельсінкі, ставши в 1860 році професором, а в 1877 році почесним доктором. Паціус багато зробив для організації музичної справи у Фінляндії, організувавши в Гельсінкі музичне товариство, студентський хор та оркестр, якими керував і для яких складав.
У своїй музичній творчості Фредрік Паціус прагнув поєднувати німецьку романтичну традицію і фінські народні мотиви. У 1848 році він поклав на музику вірш Рунеберга «Наш край», написаний шведською мовою (швед.Vårt land). Ця пісня набула великої популярності, 1899 року вона була перекладена П. Каяндером на фінську мову і в цьому перекладі була визнана національним гімном Фінляндії. Пізніше, Йоганн Вольдемар Яннсен зробив написав до пісні свій текст естонською мовою, і з 1920 року мелодія Паціуса стала також мелодією естонським гімном.