По закінченні військової служби повернувся до США і почав працювати на телевізійній студії CBS. Вже 1954 року отримав свою першу премію «Еммі» за телевізійну постановку п'єси Реджинальда Роуза[en] «Дванадцять розгніваних чоловіків» (1957 року Сідні Люмет успішно втілив цю п'єсу в однойменному художньому фільмі). Наступного року Шеффнер здобуває ще дві премії «Еммі» за роботу над телевізійною адаптацією бродвейської п'єси«Заколот на есмінці „Кейн“. Трибунал[en]». Високу оцінку та четверту премію Еммі отримала режисерська робота Шеффера в перших сезонах серіалу «Захисники».
1963 року зняв свій перший повнометражний художній фільм «Стриптизерка[en]», який отримав непогані відгуки критиків. 1964 року поставив політичну драму за п'єсою Ґора Відала«Найгідніший[en]», де в головній ролі знявся Генрі Фонда. Фільм номінувався на кілька кінематографічних нагород, здобув спеціальний приз журі Кінофестивалю в Карлових Варах.
Наступний фільм 1965 року «Полководець[en]» у певному сенсі став для Голлівуду новаторським, оскільки, на відміну від традиційної романтизації лицарства, відображав негативні сторони соціального розшарування за феодалізму, а також порушував тему боротьби християнства з язичництвом. Політичний детектив «Двійник[en]» з Юлом Бріннером у головній ролі, знятий 1967 року у Великій Британії, значного міжнародного успіху не мав.