В кінці сезону 1984-85 Томас дебютував в Бундеслізі за «Армінію». 23 березня 1985 року в матчі з гельзенкирхенським «Шальке» Томас вийшов на поле як одна з останніх надій. Але і він не зміг допомогти, білефельдці начисто програли матч з рахунком 0-3[1]. Сезон теж не був врятований; за його підсумками «Армінія» вилетіла в Другу Бундеслігу, де Томас Хельмер показав себе в усій красі і сезон 1986-87 починав вже у дортмундській «Боруссії». Там він відразу став гравцем основи і провів шість непоганих сезонів, зігравши в цілому 190 матчів і забивши 16 м'ячів в усіх турнірах.
Влітку 1992 року Томас перейшов у мюнхенську «Баварію» за 7,5 мільйонів марок, через те що дортмундці не хотіли посилювати конкурента і намагалися продати футболіста французькому «Ліону». У мюнхенців на той час гостро стояло питання про захисників - завершив кар'єру Гансі Пфлюглер, перейшов до «Гамбурга»Маркус Баббель. Практично не маючи конкуренції, Гельмер відразу ж став на довгий час гравцем основи. Дебют в «Баварії» відбувся 15 серпня 1992 року у матчі першого туру проти «Юрдінгена», що завершився перемогою мюнхенців з рахунком 3-0. Томас провів на полі увесь матч і навіть встиг відзначитися забитим м'ячем на 85-й хвилині зустрічі[2]. 1997 року Томас став капітаном команди, змінивши легендарного Лотара Маттеуса і залишався ним до 1999 року, доки не покинув клуб.
Томас вирішив змінити прописку: він підписав контракт з англійським «Сандерлендом», хоча йому пропонував контракт «Ліверпуль». Проте тодішній тренер «Сандерленда» Пітер Рід не бачив його в основі і на початку сезону Гельмер за орендною угодою перебрався до берлінської «Герти» і провів там п'ять матчів. У січні 2000 року повернувся в Англію, але заграти там не зміг і вирішив завершити футбольну кар'єру.
Виступи за збірну
Всього за збірну Німеччини Томас грав протягом 8 років і провів за цей час 68 ігор, у яких забив 5 м'ячів. Дебют відбувся 10 жовтня 1990 року в товариському матчі із національною командою Швеції, який закінчився перемогою бундестіма з рахунком 3-1. Хельмер вийшов в основному складі і провів на полі увесь матч [3]. 1992 року Томас Гельмер став срібним призером, а у 1996-му чемпіоном Європи.
