У дорослому футболі дебютував 1958 року виступами за команду ФАС у віці 18 років, вийшовши на заміну в матчі проти коста-риканської«Сапрісси»[2]. З ФАС тричі вигравав чемпіонат Сальвадору — в 1958 і двічі в 1962 році[3].
У першій половині 1960-х років грав у різних Гватемальських клубах, в період виступу за «Універсідад» закінчив Університет Сан-Карлос, отримав диплом економіста[3]. Після повернення з Гватемали грав за «Альянсу», з якою виграв чемпіонат Сальвадору в сезоні 1965/66.
Знову повернувшись на батьківщину, Маганья виграв з «Атлетіко Марте» чемпіонати Сальвадору сезонів 1968/69 і 1970[5].
Згодом з 1970 року грав у складі команд ФАС та «Онсе Мунісіпаль», а завершив ігрову кар'єру 1975 року у команді «Альянса», у складі якої вже виступав раніше[2].
У складі збірної був учасником чемпіонату світу 1970 року у Мексиці, на якому був основним воротарем[2] і зіграв всі 3 матчі. Остання гра групового турніру проти збірної СРСР 10 червня стала для Маганьї останньою у складі збірної[3].
Його кумиром був радянський воротар Лев Яшин. Так само як Яшин, Маганья грав у чорному светрі і кепці[1].
Кар'єра тренера
Розпочав тренерську кар'єру невдовзі по завершенні кар'єри гравця, 1976 року, очоливши тренерський штаб клубу «Платенсе Мунісіпаль». В подальшому чотири рази очолював збірну Сальвадору в 1976, 1979, 1984 та 1987 роках, а також тренував різні клубні команди в Сальвадорі[2].
Крім тренерської роботи, Маганья багато років працював у структурі КОНКАКАФ[2], був ведучим спортивних новин на телебаченні, футбольним коментатором на радіо, вів колонку в газеті[5].
Останнім місцем тренерської роботи був клуб «Атлетіко Марте», головним тренером команди якого Рауль Маганья був з 2004 по 2008 рік, і який він повернув у Вищий дивізіон після багатьох років відсутності[5].