Народився у ТирасполіХерсонської губернії (нині у складі невизнаної Придністровської республіки, офіційно — у складі Молдови). Батько був шведом, а мати грекинею.
Помер 2 травня1922 за нез'ясованих обставин під час відвідання польського табору для українських військовополонених у Щипйорні (Польща). На думку деяких дослідників, загинув від кулі агента Дефензиви. Інші припускають, що Отмарштейна могли вбити агенти ЧК, що діяли в оточені Симона Петлюри. Детальніше про це розповідається у книзі Романа Сушка «Хто вбив полковника Отмарштайна»[2].
У листопаді 2018 року в Боярці на будівлі залізничного вокзалу відкрили меморіальну дошку на честь полковника Армії УНР Юрія Отмарштейна (1890—1922).[4][5]