Народився 21 серпня1990 року в Брюсселі в сім'ї вихідців з Марокко. Вихованець футбольної школи «Андерлехта», проте до основної команди пробитись так і не зумів.
У дорослому футболі дебютував 2008 року виступами за італійську «Брешію», проте за два сезони взяв участь лише в одному матчі чемпіонату і у двох кубкових двобоях, тому протягом сезону 2010–11 років на правах оренди захищав кольори «Зюйдтіроля», що грав у третьому за рівнем дивізіоні Італії.
В оренді Омар став основним гравцем і своєю грою привернув увагу представників тренерського штабу «Брешії», яка влітку 2011 року повернула гравця. Цього разу Ель-Каддурі став лідером клуба з Брешії, провівши за сезон 40 ігор.
Така гра не залишилась непоміченою клубами елітного дивізіону і 24 серпня2012 року приєднався до «Наполі», яке заплатило за футболіста 2 млн євро. Проте в новій команді не зміг виграти конкуренцію і здебільшого виходить на заміни. 2013 року приєднався на умовах оренди до «Торіно», в якому протягом наступних двох сезонів був серед гравців основного слкаду. Повернувшись 2015 року до «Наполі», почав отримувати більше ігрового часу, проте стабільним гравцем «основи» так й не став.
Тож 31 січня 2017 року перейшов до одного з аутсайдерів Серії A, з яким уклав трирічний контракт і якому не зміг допомогти в сезоні 2016/17 зберегти місце в елітній італійській лізі.
У серпні 2017 року новим клубом футболіста став грецький ПАОК.