Університет був заснований 1544 року як Кенігсберзький колегіум (лат.Collegium Albertinum, Альбертинський колегіум) першим прусським герцогом Альбрехтом. То був один з найстаріших університетів Німеччини. Спочатку університет називався «Академія», але з 1656 року на згадку про засновника отримав ім'я «Альбертіна». Університет користувався великими привілеями та свободами, його викладачі належали до вищих верств суспільства, а студенти об'єднувалися в корпорації зі своєю структурою та традиціями.
Кенігсбергськая академія «Альбертіна» була влаштована за зразком інших німецьких університетів і складалася з чотирьох факультетів: трьох «вищих» — теологічного, юридичного, медичного, і одного «нижчого» — філософського. Природничі дисципліни й математика викладалися на філософському факультеті.
Першим ректором університету став запрошений з Франкфурта-на-Одері 36-річний поет-гуманіст Георг Сабінус (1508–1560), зять одного зі стовпів РеформаціїФіліппа Меланхтона. Очолюваний ректором викладацький корпус складався з десяти професорів, що як правило приїхали з-поза меж герцогства. У рік свого відкриття університет мав понад триста студентів.
До 350-річчя в 1894 році в університеті навчалося 658 студентів, викладали 98 доцентів і професорів. Найбільшим був медичний факультет.
Університет в першій половині XX століття
До початку століття в університеті навчалося понад тисячу студентів. План набору був відсутній, тому кількість студентів мінялося з року в рік.
Перед ліквідацією університет складався з 6 факультетів (факультет природничих наук, сільськогосподарський, теологічний, юридичний і суспільно-політичних наук, медичний, філософський). Факультети складалися з 40 інститутів, серед яких були, наприклад, інститути експериментальної фізики, мінералогічний, геолого-палеонтологічний (мав велику колекцію бурштину), ботанічний з ботанічним садом, зоологічний з зоологічним музеєм. Університетові належали астрономічна і геофізична обсерваторії, 7 медичних клінік, спортивний клуб Палестра Альбертінум (нім.Palaestra Albertina[de]), декілька бібліотек (в тому числі знаменита Срібна бібліотека (Silberbibliothek).
17 серпня1944 року університет відсвяткував своє 400-річчя. Через два тижні, наприкінці серпня, центр Кенігсберга зазнав масованих бомбардувань британськими військово-повітряними силами, внаслідок чого понад 80 % будівель університету було знищено.
Студенти університету своїм розпізнавальнім знаком мали шпильку на одязі, цей звичай згодом розвинувся в традицію видачі випускникам розпізнавального значка.
В університеті існували студентські братства (часто колишні земляцтва), що мали свої герби, прапори, приміщення, наприклад, братства Мазовія, Балтія, Ганза (Corps Hansea), Литва (Corps Littuania), норманів (Corps Normannia).
Після десятиліть замовчування німецької наукової традиції в Кенігсберзі (сьогодні — Калінінград) з початком перебудови (1985 рік) Калінінградський державний університет дедалі частіше фігурував як спадкоємець традицій Альбертіни. Ця тенденція серед російської громадськості й політикуму вилилася в 2005 році в перейменування Калінінградського університету на Балтійський федеральний університет імені Іммануїла Канта, що відбулося за присутності президента Росії Володимира Путіна та тодішнього канцлера Німеччини Герхарда Шредера. В Калінінграді також виношуються плани відбудови головного корпусу Кенігсберзького університету, який став би одним з корпусів сьогоднішнього Балтійського федерального університету.
Karl Erich Andrée: Die Albertus-Universität. Schicksal und Leistung. In: Fritz Gause (Hrsg.): Ostpreußen. Leistung und Schicksal. Burkhard-Verlag, Essen 1958, S. 239—257 (Deutsche Landschaft 4), (Auch Sonderdruck).
Sabine Bamberger-Stemmann: Königsberg und seine Universität. Eine Stätte ostmitteleuropäischen Geisteslebens. In: Nordost-Archiv. Zeitschrift für Regionalgeschichte. NF 3, H. 2, 1994, ISSN0029-1595, S. 281—694.
Walter Daugsch (Red.): Die Albertina. Universität in Königsberg, 1544—1994. Herausgegeben von der Stiftung Gerhart-Hauptmann-Haus Düsseldorf. Westkreuz-Verlag, Bad Münstereifel 1994, ISBN 3-922131-98-0 (Schriften der Stiftung Gerhart-Hauptmann-Haus, Deutsch-Osteuropäisches Forum Düsseldorf), (Ausstellungskatalog, Kaliningrad, Museum für Geschichte und Kunst des Gebiets Kaliningrad, 17. August bis 7. Oktober 1994, deutsch/russisch).
Georg Erler (Hrsg.): Die Matrikel (und die Promotionsverzeichnisse) der Albertus-Universität zu Königsberg in Preußen. 1544—1829. 3 Bände. Duncker & Humblot, Leipzig 1910—1917 (Publikation des Vereins für die Geschichte von Ost- und Westpreussen 16, 568220-4), (перевидання: Kraus Reprint, Nendeln/Liechtenstein 1976).
Walter Hubatsch: Die Albertus-Universität zu Königsberg in Preußen in der Deutschen Geistesgeschichte 1544—1944. In: Walther Hubatsch: Deutsche Universitäten und Hochschulen im Osten. Westdeutscher Verlag, Köln u. a. 1964, S. 9-39 (Wissenschaftliche Abhandlungen der Arbeitsgemeinschaft für Forschung des Landes Nordrhein-Westfalen 30, ISSN 0570-5665).
Jahrbuch der Albertus-Universität zu Königsberg/Preußen. Berlin/Freiburg/Frankfurt: 1951 bis 1994, ISSN 0075-2177.
Hans Lippold: Die Albertina und der Albertus. In: Einst und Jetzt. 17, 1972, ISSN 0420-8870, S. 137-44.
Hans Lippold: Das Collegium Albertinum. Ein altes Universitätsgebäude. In: Einst und Jetzt. 21, 1976, S. 191-94.
Jürgen Manthey: Königsberg. Geschichte einer Weltbürgerrepublik. Hanser, München u. a. 2005, ISBN 3-446-20619-1.
Hanspeter Marti, Manfred Komorowski (Hrsg.): Die Universität Königsberg in der Frühen Neuzeit. Köln, Böhlau u. a. 2008, ISBN 978-3-412-20171-5.
Rektoratsreden im 19. und 20. Jahrhundert / Albertus-Universität zu Königsberg. Online-Bibliographie. Historische Kommission bei der Bayerischen Akademie der Wissenschaften[1]
Hans Rothe, Silke Spieler (Hrsg.): Die Albertus-Universität zu Königsberg. Höhepunkte und Bedeutung. Vorträge aus Anlass der 450. Wiederkehr ihrer Gründung. Kulturstiftung der Deutschen Vertriebenen, Bonn 1996, ISBN 3-88557-146-3.
Siegfried Schindelmeiser: Die Albertina und ihre Studenten 1544 bis WS 1850/51 und Die Geschichte des Corps Baltia II zu Königsberg i. Pr. (1970—1985). Erstmals vollständige, bebilderte und kommentierte Neuausgabe in zwei Bänden mit einem Anhang, zwei Registern und einem Vorwort von Franz-Friedrich Prinz von Preussen, herausgegeben von Rüdiger Döhler und Georg von Klitzing, München 2010. ISBN 978-3-00-028704-6.
Кретинин Г. В., Брюшинкин В. Н., Гальцов В. И. и др. Очерки истории Восточной Пруссии — Калининград: Янтарный сказ, 2004. 536 с. ISBN 5-7406-0502-4
Лавринович К. К. Альбертина: Очерки истории Кёнигсбергского университета: К 450-летию со времени основания — Калининград: Калининградское книжное издательство, 1995. 416 с. ISBN 5-85500-417-1.