Гусейн аль-Шафеї народився в місті Танта. Закінчив Єгипетську військову академію у 1938 році[2]. Під час навчання він потоваришував зі своїм ровесником Ґамалем Абдель Насером, майбутнім президентом Єгипту.
Гусейн аль-Шафеї у 1951 році, за сприянням Ґамаль Абдель Насер, вступив у підпільну організацію «Рух вільних офіцерів». Згодом він стає одним з лідерів цієї підпільної організації. У 1952 році Гусейн аль-Шафеї стає одним з шести членів таємного Каїрського керівного комітету «Вільних офіцерів».
16 серпня1961 року був призначений віцепрезидентомОб'єднаної Арабської Республіки. Після виходу Сирії зі складу Об'єднаної Арабської Республіки, 19 жовтня1961 року йому також були передана посада міністра з соціальних справ та у справах вакфів. Також він був призначений Генеральним секретарем Вищого виконавчого комітету Арабського соціалістичного союзу. 30 вересня1965 року Гусейн аль-Шафеї був звільнений з посад віцепрезидента та генерального секретаря Арабського соціалістичного союзу.
Через два роки, 19 червня1967 року, Гусейн аль-Шафеї був знову призначений віцепрезидентом Єгипту, та очолив Вищий військовий трибунал, який розглядав справи вищих чинів армії, звинувачених у поразці в Шестиденній війні, та у змові з метою повалення Ґамаль Абдель Насера.
20 березня1968 року Гусейн аль-Шафеї був також призначений міністром у справах вакфів і соціальних справ та заступником прем'єр-міністра. 19 жовтня1968 року він став одним з членів Вищої виконавчого комітету Арабського соціалістичного союзу.
16 квітня1975 року Гусейн аль-Шафеї був знятий з посади віцепрезидента, та зник з політичної арени[3].
Гусейн аль-Шафеї помер 18 листопада2005 року після тривалої хвороби в Каїрі. Був похований з вищими військовими почестями 19 листопада2005 року[2].