У 2006 році нагороджений премією Філдсаза внесок у розвиток стохастичної еволюції Левнера, геометрії двовимірного броунівського руху та конформної теорії поля.
Інші нагороди Венделіна Вернера включають у себе Премію Ферма 2001 року, премію Лоева (фр.Loève Prize) 2005 року, а також премію Полья (фр.Pólya Prize) Товариства промислової та прикладної математики (SIAM), разом із Грегорі Лоулером та Одедом Шраммом (2006). У 2008 році став членом Французької академії наук.
Також Вернер знявся у французькому фільмі 1982 року «Перехожа з Сан-Сусі» (фр.La Passante du Sans-Souci).