9 червня1759 року принца проголосили спадкоємцем престолу. У 5-річному віці він втратив батька. Зважаючи на малий вік спадкоємця, монарший трон тимчасово посіла принцова тітка і старша сестра покійного правителя Тосіко, яка прийняла ім'я Імператора Ґо-Сакураматі. 6 квітня1768 року вона надала принцу титул Великого сина Імператора, а в грудні 1769 року склала з себе повноваження і передала небожу престол. 23 травня1770 14-річний принц пройшов інтронацію і став новим Імператором Японії[5].
Імператор Ґо-Момодзоно був хворобливим, тому державними справами не займався. За своє коротке життя він склав «Щоденник Імператора Ґо-Момодзоно»[6] у 8 книгах та збірку японської поезії «Оцінки монарха Ґо-Момодзоно»[5][7].
Імператор мав лише одну доньку Йосіко. Для збереження династії він зробив своїм названим сином Морохіто з дому принців Кан'їн і проголосив його спадкоємцем. Згодом Йосіко стала дружиною Моріхіто, майбутнього Імператора Кокаку.