1457 року принца проголосили спадкоємцем престолу, а 1464 року Імператор Ґо-Ханадзоно передав йому посаду Імператора Японії. Батько принца продовжував негласно керувати справами Імператорського двору до 1470 року[5].
Правління Імператора Ґо-Цутімікадо збіглося в часі з великою смутою Онін1467—1477 років, в ході якої більша частина столиці Кіото була зруйнована самурайськими військами. Імператорський палац також прийшов у занепад, тому монарх мусив мешкати у свого підданого, сьоґунаАсікаґи Йосімаси. Через те, що Імператор проводив життя як біженець, він 5 разів намагався зректися трону, проте оточення відмовляло його від цього. Головною причиною відмови була нестача коштів Імператорської скарбниці для проведення церемонії зречення[5].
Аби забути про злигодні й подолати душевний неспокій імператор Ґо-Цутімікадо вивчав японську класику і займався віршуванням. Він упорядкував дві антології власних творів — «Збірку червого попелу»[6] та «Читанку японських пісень на стодень»[5][7].
21 жовтня1500 року Імператор Ґо-Цутімікадо помер у 58-річному віці. Через відсутність грошей на похорони, його труна стояла в Імператорському палаці протягом 40 днів. Після збору пожертв покійного монарха нарешті поховали в гробниці Фукаса-но-кіта[8], в районі Фусімі, в Кіото.[5][9].