1642 року принца проголосили спадкоємцем трону. Наступного року його старша сестра Окіко, що обіймала престол під Імператора Мейсьо, передала йому керівництво країною[2].
Імператор Ґо-Комьо правив 12 років. Протягом цього часу Імператорський двір та сьоґунат Токуґава підтримували дружні стосунки, завдяки тому, що названою матір'ю монарха була Токуґава Кадзуко, донька 2-го сьоґунаТокуґави Хідетади. Попри це, Імператор особисто не любив сьоґунат через обмеження, накладені самурайським урядом на Імператорський двір у справі державного управління[2].
30 жовтня1654 року Імператор Ґо-Комьо раптово помер від натуральної віспи у 22-річному віці. Ходили також чутки про його отруєння. Покійний монарх не залишив по собі сина, тому престол перейшов до його молодшого брата Імператора Ґо-Сая. Поховали Імператора Ґо-Комьо в гробниці Цукінова[4], на території монастиря Сенрюдзі в районі Хіґасіяма, в Кіото.[2][5].