1500 року, після смерті батька, принц став новим Імператором Японії. Через політичну і фінансову кризу, спричинену смутою Онін, церемонія інтронізації проведена не була. Лише 1521 року, завдяки грошовій допомозі осацького монастиря Хонґандзі і його настоятеля Дзіцуньо, монарх зміг офіційно здійснити обряд і проголосити себе правителем легітимної країни[2].
Правління Імператора Ґо-Касівабари супроводжувалося розвалом центрального державного апарату та міжусобицями регіональних володарів. В таких умовах монарх намагався відродити авторитет Імператорського двору шляхом відновлення стародавніх практик управління державою. З цією метою він вивчав двірецький церемоніал, історію та класичну літературу. За життя монарх упорядкував біографічні «Записи Імператора Ґо-Касівабари»[3], а також дві поетичні антології — «Збірку японських пісень Імператора Ґо-Касівабари»[4] та «Класифікацію сотні віршів Імператора Ґо-Касівабари»[2][5].
19 травня1526 року Імператор Ґо-Касівабара помер у 61-річному віці. Його поховали в гробниці Фукаса-но-кіта[6], в районі Фусімі, в Кіото.[2][7].